Anzeigen und konvertieren Moleküle (Ohne Anmeldung)

Was ist eine Molekül-Datei?

Jede Moleküldatei speichert denselben Kern: eine Liste von Atomen, jedes mit seinem Element und seiner Position in Ångström (ein Zehnmilliardstel Meter). Die Formate unterscheiden sich darin, was sie hinzufügen. Strukturen von Proteinen und Nukleinsäuren (PDB und mmCIF) fassen Atome zu Residuen und Ketten zusammen und verzeichnen Helices und Faltblattstränge; Formate für kleine Moleküle (SDF und MOL, MOL2) listen jede Bindung mit ihrer Bindungsordnung auf; ein kristallographisches CIF gibt die Elementarzelle an; eine GROMACS-.gro-Datei ist eine Momentaufnahme einer Simulationsbox; und eine chemische .xyz-Datei enthält nur das Element und die Koordinaten jedes Atoms.

Dieser Viewer liest sie alle und wählt die Darstellung, die zum Molekül passt. Proteine und Nukleinsäuren öffnen sich als Cartoon ihrer Ketten mit Liganden als Kugel-Stab-Modell; kleine Moleküle öffnen sich als Kugel-Stab-Modell, Doppel-, Dreifach- und aromatische Bindungen als parallele Zylinder. Die Atome sind nach Element in den vertrauten Jmol-Farben eingefärbt, und ein Layer Space filling (Kalottenmodell) zeigt jedes Atom mit seinem Van-der-Waals-Radius.

Jedes Format hat eine eigene Seite mit den Einzelheiten: PDB-Viewer, CIF-Viewer, SDF- und MOL-Viewer, MOL2-Viewer und GRO-Viewer.

Wer verwendet Molekül-Dateien?

Strukturbiologen, Biochemiker und Medizinalchemiker, die eine Struktur prüfen möchten, ohne PyMOL, ChimeraX oder Avogadro zu öffnen; Schüler, Studierende und Lehrkräfte im Biologie- und Chemieunterricht; Wissenschaftsjournalisten und Illustratoren; und Designer, Architekten und Ausstellungsgestalter, die ein echtes Protein oder einen echten Kristall für ein Rendering, einen 3D-Druck, eine Skulptur oder ein Bauteil eines Gebäudes wünschen.

Häufige Anwendungsfälle

• Ein aus der RCSB Protein Data Bank heruntergeladenes Protein öffnen und in 3D drehen
• Eine Verbindung aus PubChem oder ChEMBL als Kugel-Stab-Modell ansehen
• Eine Kristallstruktur aus der Crystallography Open Database mit ihrer Elementarzelle prüfen
• Eine Struktur mit einer Klasse, einem Kollegen oder einem Kunden als Link teilen, der sich in jedem Browser öffnet
• Ein Molekül als STL oder 3MF für einen 3D-Druck exportieren, oder als GLB, FBX oder USDZ für Blender, eine Game-Engine oder AR

Funktionen

Kompatibilität und Format-Hinweise

Diese Dateien öffnen sich: PDB (.pdb, .ent) mit den Varianten AutoDock PDBQT (.pdbqt) und APBS PQR (.pqr); PDBx/mmCIF und Kleinmolekül-CIF (.cif, .mmcif, .mcif); MDL-Molfiles und SD-Dateien in V2000 und V3000 (.mol, .sdf, .sd); Tripos MOL2 (.mol2, .ml2); GROMACS-Strukturen (.gro); und chemisches XYZ (.xyz). Eine .xyz-Datei, die ein Molekül enthält, wird anhand ihres Inhalts von einer .xyz-Punktwolke unterschieden.

Proteine öffnen sich als Cartoon: Helices und Faltblattstränge als Bänder, entnommen aus den Sekundärstruktur-Einträgen der Datei, wenn sie welche enthält, und andernfalls aus der Cα-Spur berechnet, Schleifen als runde Röhre. Eine einzelne Kette wird entlang ihrer Sequenz eingefärbt, von Blau am Anfang bis Rot am Ende; bei mehreren Ketten erhält jede ihre eigene Farbe. DNA und RNA öffnen sich als Röhre entlang des Rückgrats mit den Basen als Stäbchen. Liganden werden als Kugel-Stab-Modell dargestellt und nach Element eingefärbt (Kohlenstoff grau, Sauerstoff rot, Stickstoff blau, Schwefel gelb, in den Jmol-Farben).

Kleine Moleküle öffnen sich als Kugel-Stab-Modell, mit einem Layer Space filling daneben. Eine SD- oder MOL2-Datei mit vielen Molekülen öffnet sich mit einem Layer pro Molekül. Von einem NMR-Ensemble wird nur das erste Modell dargestellt, von einer XYZ-Datei mit mehreren Frames nur der erste Frame.

Koordinaten werden in Ångström (Å) gelesen und in diesem Maßstab beibehalten, sodass das Messwerkzeug Abstände in Å anzeigt. Bindungen werden aus der Datei übernommen, wo sie aufgeführt sind, und für den Rest aus den Kovalenzradien berechnet. Sehr große Strukturen, etwa ein ganzes Viruskapsid mit Millionen von Atomen, öffnen sich mit dem Cartoon und mit ihren Atomen als Punkte, damit der Browser mithält.

Häufig gestellte Fragen

Verwandte Tools und Anleitungen