Anzeigen und konvertieren MOL2 (Ohne Anmeldung)
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Ebenfalls von Innerscene: Circadian Lab, ein kostenloser Lichtrechner für Beleuchtungsstärke, melanopische EML und Blendung im Raum.
Beschreiben Sie eine Verbindung, ein Protein oder einen Kristall. Die KI findet es in PubChem oder der Protein Data Bank oder baut es auf und öffnet es hier.
Modell mit KI erstellen
Beschreiben Sie, was Sie brauchen, oder fügen Sie ein Foto hinzu, und die KI baut es in Originalgröße im Viewer. Bitten Sie im Chat um Änderungen und exportieren Sie es dann. Kostenlos, mit Ihrem eigenen Anthropic- oder OpenAI-Schlüssel.
KI-Generator öffnenWas ist eine MOL2-Datei?
Eine .mol2-Datei ist reiner Text in Abschnitten, die mit einem @<TRIPOS>-Tag beginnen. @<TRIPOS>MOLECULE benennt das Molekül und gibt seine Anzahlen an, @<TRIPOS>ATOM listet jedes Atom mit Name, Koordinaten, SYBYL-Atomtyp (etwa C.ar für einen aromatischen Kohlenstoff oder N.am für einen Amid-Stickstoff), Residuum und Partialladung auf, und @<TRIPOS>BOND listet jede Bindung mit ihrem Typ auf (1, 2, 3, ar, am).
Eine Datei kann viele Moleküle nacheinander enthalten; so werden Docking-Bibliotheken und Sets für das virtuelle Screening oft ausgeliefert. UCSF Chimera und ChimeraX, Open Babel, AutoDock Tools, DOCK, GOLD und SYBYL lesen und schreiben es alle.
Für die MDL-Formate siehe den SDF- und MOL-Viewer; für Proteine den PDB-Viewer; für alle Molekülformate auf einer Seite den Molekül-Viewer.
Wer verwendet MOL2-Dateien?
Computerchemiker und Wirkstoffforschungsteams, die Liganden und Rezeptoren für das Docking vorbereiten, Forschende, die mit Bibliotheken für das virtuelle Screening arbeiten, Studierende in Kursen zur molekularen Modellierung und alle, die eine .mol2-Datei erhalten, ohne Chimera oder SYBYL zur Hand zu haben.
Häufige Anwendungsfälle
- Einen für das Docking vorbereiteten Liganden vor einem Lauf prüfen
- Die Moleküle einer Screening-Bibliothek durchsehen, ein Layer pro Molekül
- Gedockte Posen oder Konformere vergleichen, die zusammen in einer Datei gespeichert sind
- Einen Docking-Liganden mit einem Kollegen als Link teilen, der sich in jedem Browser öffnet
- Ein Molekül als GLB, OBJ oder STL für ein Rendering, eine Folie oder einen 3D-Druck exportieren
Funktionen
Öffnet .mol2-Dateien
Tripos-MOL2-Dateien mit einem oder vielen Molekülen.
SYBYL-Typen werden gelesen
Elemente aus den SYBYL-Atomtypen und Bindungsordnungen aus den Bindungstypen, aromatische Bindungen eingeschlossen.
Kugel-Stab-Modell
Atome nach Element eingefärbt, Doppel-, Dreifach- und aromatische Bindungen als parallele Zylinder.
Kalottenmodell
Ein Layer mit jedem Atom in seinem Van-der-Waals-Radius.
Ein Layer pro Molekül
Eine Datei mit vielen Molekülen öffnet sich mit jedem Molekül auf einem eigenen Layer, benannt nach der Datei.
Export nach GLB, STL oder USDZ
Speichern Sie die Struktur als GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX oder USDZ für ein Rendering, einen 3D-Druck oder AR, oder die Ansicht als PNG.
Messen in Ångström
Klicken Sie auf zwei Atome, um den Abstand zwischen ihnen in Å zu messen.
In VR ansehen
Im Browser eines Headsets steht das Molekül auf einem Tisch vor Ihnen.
Nichts wird hochgeladen
Die Datei wird vollständig in Ihrem Browser gelesen. Kein Konto, kein Upload, keine Kopie auf einem Server.
Teilen und einbetten
Senden Sie einen Link, der das Molekül in jedem Browser öffnet, oder binden Sie den Viewer mit einem einzigen iframe in Ihre eigene Seite ein.
Kompatibilität und Format-Hinweise
Die Abschnitte MOLECULE, ATOM und BOND werden gelesen. Das Element stammt aus dem SYBYL-Atomtyp, und die Bindungstypen werden zu Einfach-, Doppel-, Dreifach- und aromatischen Bindungen; Amidbindungen werden als Einfachbindungen dargestellt. Eine Datei mit vielen Molekülen öffnet sich mit einem Layer pro Molekül, benannt nach seinem MOLECULE-Abschnitt, für die ersten 200 Moleküle; die Statuszeile zählt den Rest.
Moleküle öffnen sich als Kugel-Stab-Modell, nach Element in den Jmol-Farben eingefärbt, mit Doppel- und Dreifachbindungen als parallele Zylinder und einem Layer Space filling (Kalottenmodell) daneben.
Koordinaten werden in Ångström (Å) gelesen und in diesem Maßstab beibehalten, sodass das Messwerkzeug Abstände in Å anzeigt. Bindungen werden aus der Datei übernommen, wo sie aufgeführt sind, und für den Rest aus den Kovalenzradien berechnet. Sehr große Strukturen, etwa ein ganzes Viruskapsid mit Millionen von Atomen, öffnen sich mit dem Cartoon und mit ihren Atomen als Punkte, damit der Browser mithält.
In Ihre Website einbetten
Fügen Sie diesen Viewer mit einer einzigen HTML-Zeile zu Ihrer Website hinzu. Klicken Sie auf Einbetten in der Symbolleiste, um einen Einbettungscode zu generieren, oder verwenden Sie das untenstehende Snippet mit Ihrer Datei-URL.
Ihre Dateien bleiben auf Ihrem Computer
Ihre Dateien werden vollständig in Ihrem Browser verarbeitet. Die Schaltfläche Teilen lädt die Datei hoch, um einen Link zu erstellen. Geteilte Dateien werden 90 Tage gespeichert und dann automatisch gelöscht.
Häufig gestellte Fragen
▶Öffnet sich eine MOL2-Datei mit vielen Molekülen?
Ja. Jedes Molekül ist ein eigener Layer, benannt nach seinem MOLECULE-Abschnitt, sodass Sie eines, mehrere oder alle zeigen können.
▶Werden SYBYL-Atomtypen und Bindungstypen verwendet?
Ja. Das Element jedes Atoms stammt aus seinem SYBYL-Typ (C.3, C.ar, N.pl3 und so weiter), und die Bindungstypen 1, 2, 3 und ar werden als Einfach-, Doppel-, Dreifach- und aromatische Bindungen dargestellt.
▶Werden Partialladungen angezeigt?
Nein. Die Atome sind nach Element eingefärbt; die Ladungsspalte wird übersprungen.
▶Wie viele Moleküle einer Bibliothek werden dargestellt?
Die ersten 200 Moleküle einer Datei, jedes auf einem eigenen Layer. Die Statuszeile nennt, wie viele die Datei enthält, damit Sie wissen, wann Sie eine große Bibliothek in kleinere Dateien aufteilen sollten.
▶Brauche ich Chimera, SYBYL oder Open Babel?
Nein. Die Datei wird in Ihrem Browser gelesen und dargestellt, auf jedem Computer, Tablet oder Smartphone.
▶Kann ich das Molekül im 3D-Druck ausgeben?
Ja. Exportieren Sie STL oder 3MF und öffnen Sie die Datei in Ihrem Slicer. Dünne Cartoon-Bänder und Stäbchen sind in kleinen Größen zerbrechlich; für einen stabilen Druck schalten Sie daher vor dem Export Space filling ein (oder das Kugel-Stab-Modell bei einem kleinen Molekül) und skalieren das Modell im Slicer hoch: Ein Ångström in der Datei ist eine Einheit im Export.
▶Ist dieser MOL2-Viewer wirklich kostenlos?
Ja, vollständig kostenlos. Keine Anmeldung, keine Wasserzeichen und keine Größenbegrenzung im Viewer (die optionale Link-Teilen-Funktion hat ein Upload-Limit von 100 MB). Entwickelt von Innerscene als Werkzeug für Architekten, Ingenieure und Designer.
▶Werden meine Dateien auf einen Server hochgeladen?
Nein. Lesen, Darstellen und Konvertieren geschehen in Ihrem Browser: Standardmäßig wird nichts hochgeladen, gespeichert oder übertragen. Nur die Schaltfläche Teilen lädt eine Datei hoch, und nur, wenn Sie sie ausdrücklich anklicken.
▶Kann ich in ein anderes Format konvertieren?
Ja. Klicken Sie in der Werkzeugleiste auf Exportieren, um die Struktur als GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX oder USDZ zu speichern, oder die Ansicht als PNG-Bild. Der Export enthält die Layer, die Sie eingeschaltet haben; schalten Sie also zuerst Space filling oder Polymer atoms ein, wenn Sie diese in der Datei haben möchten. Einen PDB- oder SDF-Export gibt es nicht: Die Exporte sind 3D-Modelle des Bildes, das Sie sehen.
▶Kann ich diesen Viewer in meine eigene Website einbetten?
Ja. Klicken Sie in der Werkzeugleiste auf Einbetten, um ein einzeiliges <iframe>-Snippet zu erzeugen, das Sie in jede HTML-Seite einfügen können. Sie können wählen, ob die Einbettung die Werkzeugleiste des Viewers zeigt.