Anzeigen und konvertieren SDF / MOL (Ohne Anmeldung)
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Ebenfalls von Innerscene: Circadian Lab, ein kostenloser Lichtrechner für Beleuchtungsstärke, melanopische EML und Blendung im Raum.
Beschreiben Sie eine Verbindung, ein Protein oder einen Kristall. Die KI findet es in PubChem oder der Protein Data Bank oder baut es auf und öffnet es hier.
Modell mit KI erstellen
Beschreiben Sie, was Sie brauchen, oder fügen Sie ein Foto hinzu, und die KI baut es in Originalgröße im Viewer. Bitten Sie im Chat um Änderungen und exportieren Sie es dann. Kostenlos, mit Ihrem eigenen Anthropic- oder OpenAI-Schlüssel.
KI-Generator öffnenWas ist eine SDF / MOL-Datei?
Eine .mol-Datei (MDL-Molfile) beginnt mit einem dreizeiligen Header und einer Zählzeile, gefolgt von einem Atomblock (Koordinaten und Element jedes Atoms) und einem Bindungsblock (die beiden Atome jeder Bindung und ihre Ordnung: einfach, doppelt, dreifach oder aromatisch). Das klassische V2000-Layout verwendet feste Spalten; das V3000-Layout schreibt dieselben Daten in M V30-Zeilen und kennt keine Grenze von 999 Atomen.
Eine .sdf- oder .sd-Datei (Structure-Data File) ist eine Folge von Molfiles, jedes gefolgt von benannten Datenfeldern (eine Kennung, ein Name, ein Messwert) und abgeschlossen durch eine $$$$-Zeile. PubChem, ChEMBL, ZINC und die meisten Substanzanbieter liefern ihre Bibliotheken als SD-Dateien.
Für Proteine siehe den PDB-Viewer; für das Tripos-Format, das Docking-Programme verwenden, den MOL2-Viewer; für alle Molekülformate auf einer Seite den Molekül-Viewer.
Wer verwendet SDF / MOL-Dateien?
Medizinalchemiker und organische Chemiker, Chemoinformatiker, die mit Substanzbibliotheken arbeiten, Schüler, Studierende und Lehrkräfte im Chemieunterricht, Forschende, die Verbindungen aus PubChem oder ChEMBL herunterladen, und Designer, die ein echtes Molekül (Koffein, einen Duftstoff, ein Pigment) für ein Rendering, eine Logostudie oder einen 3D-Druck wünschen.
Häufige Anwendungsfälle
- Eine aus PubChem heruntergeladene Verbindung als 3D-Konformer ansehen
- Die Moleküle einer SD-Datei durchblättern, ein Layer pro Molekül
- Die Bindungen und Ringe einer in ChemDraw oder einem anderen Struktureditor gezeichneten Struktur prüfen
- Ein Molekül als Link teilen, der sich in jedem Browser öffnet
- Ein Molekül als STL oder 3MF für ein 3D-gedrucktes Modell exportieren, oder als GLB oder USDZ für AR
Funktionen
Öffnet .sdf- und .mol-Dateien
MDL-Molfiles und SD-Dateien in V2000 und V3000.
Kugel-Stab-Modell
Atome nach Element eingefärbt, Doppel-, Dreifach- und aromatische Bindungen als parallele Zylinder.
Kalottenmodell
Ein Layer mit jedem Atom in seinem Van-der-Waals-Radius.
Ein Layer pro Molekül
Eine Datei mit vielen Molekülen öffnet sich mit jedem Molekül auf einem eigenen Layer, benannt nach der Datei.
PubChem-Verbindungen
Ein PubChem-3D-Konformer öffnet sich mit der Verbindung, benannt nach ihrem Datensatz.
Export nach GLB, STL oder USDZ
Speichern Sie die Struktur als GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX oder USDZ für ein Rendering, einen 3D-Druck oder AR, oder die Ansicht als PNG.
Messen in Ångström
Klicken Sie auf zwei Atome, um den Abstand zwischen ihnen in Å zu messen.
In VR ansehen
Im Browser eines Headsets steht das Molekül auf einem Tisch vor Ihnen.
Nichts wird hochgeladen
Die Datei wird vollständig in Ihrem Browser gelesen. Kein Konto, kein Upload, keine Kopie auf einem Server.
Teilen und einbetten
Senden Sie einen Link, der das Molekül in jedem Browser öffnet, oder binden Sie den Viewer mit einem einzigen iframe in Ihre eigene Seite ein.
Kompatibilität und Format-Hinweise
V2000- und V3000-Molfiles öffnen sich, einzeln oder als Einträge einer SD-Datei. Atome, Bindungen und Bindungsordnungen stammen aus der Datei. Eine Datei mit nur 2D-Koordinaten (eine flache Zeichnung aus einem Struktureditor) öffnet sich flach, so wie die Zeichnung ist; laden Sie für ein dreidimensionales Molekül den 3D-Konformer aus PubChem herunter.
Das Molekül öffnet sich als Kugel-Stab-Modell, jedes Atom nach Element in den Jmol-Farben eingefärbt, Doppel- und Dreifachbindungen als zwei oder drei parallele Zylinder und aromatische Bindungen als Paar. Ein Layer Space filling (Kalottenmodell) zeigt jedes Atom mit seinem Van-der-Waals-Radius. Eine SD-Datei mit vielen Molekülen öffnet sich mit einem Layer pro Molekül (für die ersten 200; die Statuszeile zählt den Rest), sodass Sie sie einzeln oder alle zusammen zeigen können.
Koordinaten werden in Ångström (Å) gelesen und in diesem Maßstab beibehalten, sodass das Messwerkzeug Abstände in Å anzeigt. Bindungen werden aus der Datei übernommen, wo sie aufgeführt sind, und für den Rest aus den Kovalenzradien berechnet. Sehr große Strukturen, etwa ein ganzes Viruskapsid mit Millionen von Atomen, öffnen sich mit dem Cartoon und mit ihren Atomen als Punkte, damit der Browser mithält.
In Ihre Website einbetten
Fügen Sie diesen Viewer mit einer einzigen HTML-Zeile zu Ihrer Website hinzu. Klicken Sie auf Einbetten in der Symbolleiste, um einen Einbettungscode zu generieren, oder verwenden Sie das untenstehende Snippet mit Ihrer Datei-URL.
Ihre Dateien bleiben auf Ihrem Computer
Ihre Dateien werden vollständig in Ihrem Browser verarbeitet. Die Schaltfläche Teilen lädt die Datei hoch, um einen Link zu erstellen. Geteilte Dateien werden 90 Tage gespeichert und dann automatisch gelöscht.
Häufig gestellte Fragen
▶Welche Molfile-Versionen öffnen sich?
V2000 und V3000, als einzelne .mol-Dateien oder als Einträge einer .sdf- oder .sd-Datei.
▶Wie werden die Moleküle einer SD-Datei angezeigt?
Jedes Molekül ist ein eigener Layer, sodass der Layers-Bereich sie nach Namen auflistet. Schalten Sie Layer ein und aus, um ein Molekül anzusehen oder mehrere zu vergleichen.
▶Warum ist mein Molekül flach?
Die Datei hat 2D-Koordinaten: Sie ist eine Zeichnung aus einem Struktureditor, bei der jeder z-Wert null ist. Der Viewer stellt die Atome dort dar, wo die Datei sie platziert. PubChem bietet für die meisten Verbindungen einen 3D-Konformer unter Download, 3D Conformer, SDF an.
▶Werden Doppel- und aromatische Bindungen angezeigt?
Ja. Doppelbindungen werden als zwei parallele Zylinder dargestellt, Dreifachbindungen als drei und aromatische Bindungen als Paar, in der Ebene der benachbarten Atome.
▶Werden die Datenfelder einer SD-Datei angezeigt?
Der Name des Moleküls beschriftet seinen Layer. Die übrigen Datenfelder werden übersprungen.
▶Kann ich das Molekül im 3D-Druck ausgeben?
Ja. Exportieren Sie STL oder 3MF und öffnen Sie die Datei in Ihrem Slicer. Dünne Cartoon-Bänder und Stäbchen sind in kleinen Größen zerbrechlich; für einen stabilen Druck schalten Sie daher vor dem Export Space filling ein (oder das Kugel-Stab-Modell bei einem kleinen Molekül) und skalieren das Modell im Slicer hoch: Ein Ångström in der Datei ist eine Einheit im Export.
▶Ist dieser SDF / MOL-Viewer wirklich kostenlos?
Ja, vollständig kostenlos. Keine Anmeldung, keine Wasserzeichen und keine Größenbegrenzung im Viewer (die optionale Link-Teilen-Funktion hat ein Upload-Limit von 100 MB). Entwickelt von Innerscene als Werkzeug für Architekten, Ingenieure und Designer.
▶Werden meine Dateien auf einen Server hochgeladen?
Nein. Lesen, Darstellen und Konvertieren geschehen in Ihrem Browser: Standardmäßig wird nichts hochgeladen, gespeichert oder übertragen. Nur die Schaltfläche Teilen lädt eine Datei hoch, und nur, wenn Sie sie ausdrücklich anklicken.
▶Kann ich in ein anderes Format konvertieren?
Ja. Klicken Sie in der Werkzeugleiste auf Exportieren, um die Struktur als GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX oder USDZ zu speichern, oder die Ansicht als PNG-Bild. Der Export enthält die Layer, die Sie eingeschaltet haben; schalten Sie also zuerst Space filling oder Polymer atoms ein, wenn Sie diese in der Datei haben möchten. Einen PDB- oder SDF-Export gibt es nicht: Die Exporte sind 3D-Modelle des Bildes, das Sie sehen.
▶Kann ich diesen Viewer in meine eigene Website einbetten?
Ja. Klicken Sie in der Werkzeugleiste auf Einbetten, um ein einzeiliges <iframe>-Snippet zu erzeugen, das Sie in jede HTML-Seite einfügen können. Sie können wählen, ob die Einbettung die Werkzeugleiste des Viewers zeigt.