Anzeigen und konvertieren GRO (Ohne Anmeldung)
Funktioniert direkt in Chrome, Firefox, Safari und Edge.
Ebenfalls von Innerscene: Circadian Lab, ein kostenloser Lichtrechner für Beleuchtungsstärke, melanopische EML und Blendung im Raum.
Beschreiben Sie eine Verbindung, ein Protein oder einen Kristall. Die KI findet es in PubChem oder der Protein Data Bank oder baut es auf und öffnet es hier.
Modell mit KI erstellen
Beschreiben Sie, was Sie brauchen, oder fügen Sie ein Foto hinzu, und die KI baut es in Originalgröße im Viewer. Bitten Sie im Chat um Änderungen und exportieren Sie es dann. Kostenlos, mit Ihrem eigenen Anthropic- oder OpenAI-Schlüssel.
KI-Generator öffnenWas ist eine GRO-Datei?
Eine .gro-Datei ist reiner Text. Die erste Zeile ist ein Titel, die zweite die Anzahl der Atome, und jede Atomzeile gibt Nummer und Name des Residuums, Name und Nummer des Atoms und die x-, y- und z-Position in Nanometern an, optional gefolgt von Geschwindigkeiten. Die letzte Zeile ist die Box: drei Längen für eine rechtwinklige Box, neun Zahlen für eine trikline.
GROMACS schreibt .gro-Dateien, wenn es ein System aufbaut (gmx pdb2gmx, gmx solvate, gmx genion) und am Ende eines Laufs (confout.gro), und gmx trjconv schreibt Frames einer Trajektorie als .gro. Ein System ist meist ein Protein oder eine Membran, umgeben von Tausenden Wassermolekülen und Ionen.
Für das Format der Protein Data Bank siehe den PDB-Viewer; für alle Molekülformate auf einer Seite den Molekül-Viewer.
Wer verwendet GRO-Dateien?
Forschende und Studierende, die Molekulardynamik mit GROMACS rechnen, Biophysiker, die Proteine und Membranen simulieren, Lehrkräfte in Kursen zur Computerchemie und alle, die abseits des Clusters schnell einen Blick auf ein System werfen möchten, auf einem Laptop, Tablet oder Smartphone.
Häufige Anwendungsfälle
- Ein solvatisiertes, ionisiertes System vor dem Start eines Laufs prüfen
- Den letzten Frame einer Simulation ansehen, ohne ihn auf eine Workstation mit VMD zu kopieren
- Die Simulationsbox um ein Protein oder eine Membran sehen
- Eine Momentaufnahme mit einer Betreuerin, einem Betreuer oder einem Kollegen als Link teilen, der sich in jedem Browser öffnet
- Einen Frame als GLB oder OBJ für eine Abbildung, ein Rendering oder eine Folie exportieren
Funktionen
Öffnet .gro-Dateien
GROMACS-Strukturen und Momentaufnahmen, von Nanometern in Ångström umgerechnet.
Die Simulationsbox
Eine rechtwinklige Box, dargestellt als Layer Unit cell.
Cartoon jeder Kette
Helices und Faltblattstränge als Bänder aus der Datei oder aus der Cα-Spur berechnet; eine einzelne Kette von Blau nach Rot eingefärbt, mehrere Ketten jeweils in eigener Farbe.
DNA und RNA
Nukleinsäuren als Röhre entlang des Rückgrats mit den Basen als Stäbchen.
Liganden als Kugel-Stab-Modell
Gebundene Liganden, Cofaktoren und Ionen als Kugel-Stab-Modell, nach Element eingefärbt.
Wasser und Ionen auf eigenen Layern
Das Wasser liegt zu Beginn auf einem ausgeschalteten Layer, damit das Protein oder die Membran sichtbar ist.
Export nach GLB, STL oder USDZ
Speichern Sie die Struktur als GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX oder USDZ für ein Rendering, einen 3D-Druck oder AR, oder die Ansicht als PNG.
Messen in Ångström
Klicken Sie auf zwei Atome, um den Abstand zwischen ihnen in Å zu messen.
In VR ansehen
Im Browser eines Headsets steht das Molekül auf einem Tisch vor Ihnen.
Nichts wird hochgeladen
Die Datei wird vollständig in Ihrem Browser gelesen. Kein Konto, kein Upload, keine Kopie auf einem Server.
Teilen und einbetten
Senden Sie einen Link, der das Molekül in jedem Browser öffnet, oder binden Sie den Viewer mit einem einzigen iframe in Ihre eigene Seite ein.
Kompatibilität und Format-Hinweise
Die Atomzeilen und die Boxzeile werden gelesen. Positionen werden von Nanometern in Ångström umgerechnet, sodass die Struktur dieselben Maße hat wie ihre PDB-Datei. Das Element jedes Atoms wird aus Atom- und Residuumsnamen ermittelt, die Bindungen aus den Kovalenzradien (eine .gro-Datei listet keine Bindungen auf). Eine rechtwinklige Box wird als Layer Unit cell dargestellt. Geschwindigkeiten werden übersprungen, und von einer Datei mit mehreren Frames wird nur der erste dargestellt.
Proteine öffnen sich als Cartoon: Helices und Faltblattstränge als Bänder, entnommen aus den Sekundärstruktur-Einträgen der Datei, wenn sie welche enthält, und andernfalls aus der Cα-Spur berechnet, Schleifen als runde Röhre. Eine einzelne Kette wird entlang ihrer Sequenz eingefärbt, von Blau am Anfang bis Rot am Ende; bei mehreren Ketten erhält jede ihre eigene Farbe. DNA und RNA öffnen sich als Röhre entlang des Rückgrats mit den Basen als Stäbchen. Liganden werden als Kugel-Stab-Modell dargestellt und nach Element eingefärbt (Kohlenstoff grau, Sauerstoff rot, Stickstoff blau, Schwefel gelb, in den Jmol-Farben).
Jede Darstellung ist ein Layer, den Sie ein- und ausschalten können: Cartoon, Polymer atoms (Polymeratome: jedes Schweratom der Ketten als Stäbchen), Hydrogens (Wasserstoffatome), Ligands (Liganden), Water (Wasser), Space filling (Kalottenmodell: jedes Atom außer Wasser als Kugel mit seinem Van-der-Waals-Radius) und Unit cell (Elementarzelle), wenn die Datei eine angibt. Cartoon und Ligands sind beim Öffnen der Datei eingeschaltet; die übrigen warten im Layers-Bereich.
Koordinaten werden in Ångström (Å) gelesen und in diesem Maßstab beibehalten, sodass das Messwerkzeug Abstände in Å anzeigt. Bindungen werden aus der Datei übernommen, wo sie aufgeführt sind, und für den Rest aus den Kovalenzradien berechnet. Sehr große Strukturen, etwa ein ganzes Viruskapsid mit Millionen von Atomen, öffnen sich mit dem Cartoon und mit ihren Atomen als Punkte, damit der Browser mithält.
In Ihre Website einbetten
Fügen Sie diesen Viewer mit einer einzigen HTML-Zeile zu Ihrer Website hinzu. Klicken Sie auf Einbetten in der Symbolleiste, um einen Einbettungscode zu generieren, oder verwenden Sie das untenstehende Snippet mit Ihrer Datei-URL.
Ihre Dateien bleiben auf Ihrem Computer
Ihre Dateien werden vollständig in Ihrem Browser verarbeitet. Die Schaltfläche Teilen lädt die Datei hoch, um einen Link zu erstellen. Geteilte Dateien werden 90 Tage gespeichert und dann automatisch gelöscht.
Häufig gestellte Fragen
▶Warum öffnet sich mein System ohne sein Wasser?
Der Layer Water ist zu Beginn ausgeschaltet, damit das Protein oder die Membran sichtbar ist. Schalten Sie ihn im Layers-Bereich ein, um das Lösungsmittel zu sehen.
▶Welche Einheiten werden verwendet?
GROMACS speichert Nanometer; der Viewer rechnet sie in Ångström um, die Einheit der anderen Molekülformate, und das Messwerkzeug zeigt Å an.
▶Wird die Simulationsbox angezeigt?
Eine rechtwinklige Box ja, als Layer Unit cell, gezeichnet aus der letzten Zeile der Datei. Eine trikline Box (neun Zahlen) wird übersprungen.
▶Kann ich eine Trajektorie abspielen?
Nein. Der Viewer stellt einen Frame dar: den ersten in der Datei. Verwenden Sie gmx trjconv -dump, um den gewünschten Frame als eigene .gro-Datei zu schreiben.
▶Wie werden die Bindungen ermittelt?
Eine .gro-Datei enthält keine Bindungen, daher werden sie aus dem Abstand zwischen den Atomen und ihren Kovalenzradien abgeleitet.
▶Kann ich das Molekül im 3D-Druck ausgeben?
Ja. Exportieren Sie STL oder 3MF und öffnen Sie die Datei in Ihrem Slicer. Dünne Cartoon-Bänder und Stäbchen sind in kleinen Größen zerbrechlich; für einen stabilen Druck schalten Sie daher vor dem Export Space filling ein (oder das Kugel-Stab-Modell bei einem kleinen Molekül) und skalieren das Modell im Slicer hoch: Ein Ångström in der Datei ist eine Einheit im Export.
▶Ist dieser GRO-Viewer wirklich kostenlos?
Ja, vollständig kostenlos. Keine Anmeldung, keine Wasserzeichen und keine Größenbegrenzung im Viewer (die optionale Link-Teilen-Funktion hat ein Upload-Limit von 100 MB). Entwickelt von Innerscene als Werkzeug für Architekten, Ingenieure und Designer.
▶Werden meine Dateien auf einen Server hochgeladen?
Nein. Lesen, Darstellen und Konvertieren geschehen in Ihrem Browser: Standardmäßig wird nichts hochgeladen, gespeichert oder übertragen. Nur die Schaltfläche Teilen lädt eine Datei hoch, und nur, wenn Sie sie ausdrücklich anklicken.
▶Kann ich in ein anderes Format konvertieren?
Ja. Klicken Sie in der Werkzeugleiste auf Exportieren, um die Struktur als GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX oder USDZ zu speichern, oder die Ansicht als PNG-Bild. Der Export enthält die Layer, die Sie eingeschaltet haben; schalten Sie also zuerst Space filling oder Polymer atoms ein, wenn Sie diese in der Datei haben möchten. Einen PDB- oder SDF-Export gibt es nicht: Die Exporte sind 3D-Modelle des Bildes, das Sie sehen.
▶Kann ich diesen Viewer in meine eigene Website einbetten?
Ja. Klicken Sie in der Werkzeugleiste auf Einbetten, um ein einzeiliges <iframe>-Snippet zu erzeugen, das Sie in jede HTML-Seite einfügen können. Sie können wählen, ob die Einbettung die Werkzeugleiste des Viewers zeigt.