Anzeigen und konvertieren CIF (Ohne Anmeldung)
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Ebenfalls von Innerscene: Circadian Lab, ein kostenloser Lichtrechner für Beleuchtungsstärke, melanopische EML und Blendung im Raum.
Beschreiben Sie eine Verbindung, ein Protein oder einen Kristall. Die KI findet es in PubChem oder der Protein Data Bank oder baut es auf und öffnet es hier.
Modell mit KI erstellen
Beschreiben Sie, was Sie brauchen, oder fügen Sie ein Foto hinzu, und die KI baut es in Originalgröße im Viewer. Bitten Sie im Chat um Änderungen und exportieren Sie es dann. Kostenlos, mit Ihrem eigenen Anthropic- oder OpenAI-Schlüssel.
KI-Generator öffnenWas ist eine CIF-Datei?
Eine CIF-Datei ist eine Liste benannter Einträge und Tabellen (loop_-Blöcke) in der STAR-Syntax. Zwei Dictionaries verwenden sie. PDBx/mmCIF ist das Archivformat der Protein Data Bank: _atom_site listet jedes Atom mit Residuum, Kette und kartesischen Koordinaten auf, _struct_conf und _struct_sheet_range kennzeichnen Helices und Faltblattstränge, und _struct_conn listet Verknüpfungen zwischen Residuen und Liganden auf. Es kennt keine Begrenzung bei Atomen oder Ketten, daher werden große Komplexe wie Ribosomen nur in mmCIF veröffentlicht.
Kleinmolekül-CIF ist das, was Kristallographen beim Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC), in der Crystallography Open Database (COD) und bei IUCr-Zeitschriften hinterlegen. Es gibt die Elementarzelle (_cell_length_a und die Winkel), die Raumgruppe und die fraktionellen Koordinaten der Atome der asymmetrischen Einheit an.
Für das ältere Format der Protein Data Bank siehe den PDB-Viewer; für alle Molekülformate auf einer Seite den Molekül-Viewer.
Wer verwendet CIF-Dateien?
Kristallographen und Strukturbiologen, Chemiker und Materialwissenschaftler, die Strukturen vom CCDC oder aus der COD lesen, Studierende der Chemie, Mineralogie und Biologie sowie Designer und Architekten, die die Geometrie eines echten Kristalls oder Proteins für ein Rendering, ein Muster oder einen 3D-Druck wünschen.
Häufige Anwendungsfälle
- Einen großen Eintrag der Protein Data Bank öffnen, der nur als PDBx/mmCIF veröffentlicht ist
- Eine Kristallstruktur aus der COD oder aus den Supporting Information einer Zeitschrift mit ihrer Elementarzelle ansehen
- Eine Struktur vor einer Gruppenbesprechung oder einer Vorlesung prüfen, ohne Mercury, PyMOL oder ChimeraX zu öffnen
- Einen Kristall oder ein Protein als Link teilen, der sich in jedem Browser öffnet
- Die Struktur als STL, 3MF, GLB oder OBJ für einen Druck, ein Rendering oder eine Game-Engine exportieren
Funktionen
Öffnet .cif-Dateien
PDBx/mmCIF aus der Protein Data Bank und Kleinmolekül-CIF vom CCDC, aus der COD und aus Fachzeitschriften.
Kristalle in ihrer Elementarzelle
Fraktionelle Koordinaten in Ångström umgerechnet, mit der Elementarzelle als Box um die Atome.
Cartoon jeder Kette
Helices und Faltblattstränge als Bänder aus der Datei oder aus der Cα-Spur berechnet; eine einzelne Kette von Blau nach Rot eingefärbt, mehrere Ketten jeweils in eigener Farbe.
DNA und RNA
Nukleinsäuren als Röhre entlang des Rückgrats mit den Basen als Stäbchen.
Liganden als Kugel-Stab-Modell
Gebundene Liganden, Cofaktoren und Ionen als Kugel-Stab-Modell, nach Element eingefärbt.
Zuschaltbare Layer
Polymeratome, Wasserstoffatome, Wasser, Kalottenmodell und Elementarzelle, jeweils auf einem eigenen Layer.
Export nach GLB, STL oder USDZ
Speichern Sie die Struktur als GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX oder USDZ für ein Rendering, einen 3D-Druck oder AR, oder die Ansicht als PNG.
Messen in Ångström
Klicken Sie auf zwei Atome, um den Abstand zwischen ihnen in Å zu messen.
In VR ansehen
Im Browser eines Headsets steht das Molekül auf einem Tisch vor Ihnen.
Nichts wird hochgeladen
Die Datei wird vollständig in Ihrem Browser gelesen. Kein Konto, kein Upload, keine Kopie auf einem Server.
Teilen und einbetten
Senden Sie einen Link, der das Molekül in jedem Browser öffnet, oder binden Sie den Viewer mit einem einzigen iframe in Ihre eigene Seite ein.
Kompatibilität und Format-Hinweise
Der erste Datenblock mit Atomkoordinaten wird gelesen (ein vorangestellter Block mit Publikationsangaben wird übersprungen). In mmCIF werden _atom_site (erstes Modell, eine alternative Position je Residuum), _struct_conf, _struct_sheet_range und _struct_conn verwendet. In einem Kleinmolekül-CIF werden die Elementarzelle und die fraktionellen Koordinaten in kartesische Ångström umgerechnet; dargestellt werden die Atome, die die Datei auflistet (die asymmetrische Einheit), und die Elementarzelle wird als Box um sie herum gezeichnet.
Proteine öffnen sich als Cartoon: Helices und Faltblattstränge als Bänder, entnommen aus den Sekundärstruktur-Einträgen der Datei, wenn sie welche enthält, und andernfalls aus der Cα-Spur berechnet, Schleifen als runde Röhre. Eine einzelne Kette wird entlang ihrer Sequenz eingefärbt, von Blau am Anfang bis Rot am Ende; bei mehreren Ketten erhält jede ihre eigene Farbe. DNA und RNA öffnen sich als Röhre entlang des Rückgrats mit den Basen als Stäbchen. Liganden werden als Kugel-Stab-Modell dargestellt und nach Element eingefärbt (Kohlenstoff grau, Sauerstoff rot, Stickstoff blau, Schwefel gelb, in den Jmol-Farben).
Jede Darstellung ist ein Layer, den Sie ein- und ausschalten können: Cartoon, Polymer atoms (Polymeratome: jedes Schweratom der Ketten als Stäbchen), Hydrogens (Wasserstoffatome), Ligands (Liganden), Water (Wasser), Space filling (Kalottenmodell: jedes Atom außer Wasser als Kugel mit seinem Van-der-Waals-Radius) und Unit cell (Elementarzelle), wenn die Datei eine angibt. Cartoon und Ligands sind beim Öffnen der Datei eingeschaltet; die übrigen warten im Layers-Bereich.
Ein Kleinmolekül-Kristall öffnet sich als Kugel-Stab-Modell mit eingeschaltetem Layer Unit cell; bei einem Makromolekül ist die Elementarzelle zu Beginn ausgeblendet.
Koordinaten werden in Ångström (Å) gelesen und in diesem Maßstab beibehalten, sodass das Messwerkzeug Abstände in Å anzeigt. Bindungen werden aus der Datei übernommen, wo sie aufgeführt sind, und für den Rest aus den Kovalenzradien berechnet. Sehr große Strukturen, etwa ein ganzes Viruskapsid mit Millionen von Atomen, öffnen sich mit dem Cartoon und mit ihren Atomen als Punkte, damit der Browser mithält.
In Ihre Website einbetten
Fügen Sie diesen Viewer mit einer einzigen HTML-Zeile zu Ihrer Website hinzu. Klicken Sie auf Einbetten in der Symbolleiste, um einen Einbettungscode zu generieren, oder verwenden Sie das untenstehende Snippet mit Ihrer Datei-URL.
Ihre Dateien bleiben auf Ihrem Computer
Ihre Dateien werden vollständig in Ihrem Browser verarbeitet. Die Schaltfläche Teilen lädt die Datei hoch, um einen Link zu erstellen. Geteilte Dateien werden 90 Tage gespeichert und dann automatisch gelöscht.
Häufig gestellte Fragen
▶Öffnet er sowohl mmCIF als auch Kleinmolekül-CIF?
Ja. Eine PDBx/mmCIF-Datei aus der Protein Data Bank öffnet sich als Cartoon ihrer Ketten mit Liganden; ein kristallographisches CIF vom CCDC, aus der COD oder aus einer Zeitschrift öffnet sich als Kugel-Stab-Modell in seiner Elementarzelle. Der Viewer unterscheidet sie anhand des Inhalts.
▶Wird die Kristallpackung aus der Symmetrie erzeugt?
Nein. Dargestellt werden die Atome, die die Datei auflistet, bei einem Kleinmolekül-CIF also die asymmetrische Einheit, mit der Elementarzelle um sie herum.
▶Meine CIF-Datei enthält mehrere Strukturen. Welche öffnet sich?
Die erste mit Atomkoordinaten; ein Block mit Publikationsangaben am Anfang wird übersprungen. Um eine andere Struktur zu sehen, speichern Sie ihren Block als eigene Datei.
▶Kann ich die sehr großen Strukturen öffnen, für die es keine PDB-Datei gibt?
Ja. Ribosomen, Viruskapside und andere nur als mmCIF veröffentlichte Einträge öffnen sich mit ihrem Cartoon; ab einer Viertelmillion Atomen in einem Layer werden die Atome als Punkte dargestellt, damit der Browser mithält.
▶Wo sind die Wasserstoffatome und das Wasser?
Auf eigenen Layern, Hydrogens und Water, die zu Beginn ausgeschaltet sind. Schalten Sie sie im Layers-Bereich ein.
▶Kann ich das Molekül im 3D-Druck ausgeben?
Ja. Exportieren Sie STL oder 3MF und öffnen Sie die Datei in Ihrem Slicer. Dünne Cartoon-Bänder und Stäbchen sind in kleinen Größen zerbrechlich; für einen stabilen Druck schalten Sie daher vor dem Export Space filling ein (oder das Kugel-Stab-Modell bei einem kleinen Molekül) und skalieren das Modell im Slicer hoch: Ein Ångström in der Datei ist eine Einheit im Export.
▶Ist dieser CIF-Viewer wirklich kostenlos?
Ja, vollständig kostenlos. Keine Anmeldung, keine Wasserzeichen und keine Größenbegrenzung im Viewer (die optionale Link-Teilen-Funktion hat ein Upload-Limit von 100 MB). Entwickelt von Innerscene als Werkzeug für Architekten, Ingenieure und Designer.
▶Werden meine Dateien auf einen Server hochgeladen?
Nein. Lesen, Darstellen und Konvertieren geschehen in Ihrem Browser: Standardmäßig wird nichts hochgeladen, gespeichert oder übertragen. Nur die Schaltfläche Teilen lädt eine Datei hoch, und nur, wenn Sie sie ausdrücklich anklicken.
▶Kann ich in ein anderes Format konvertieren?
Ja. Klicken Sie in der Werkzeugleiste auf Exportieren, um die Struktur als GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX oder USDZ zu speichern, oder die Ansicht als PNG-Bild. Der Export enthält die Layer, die Sie eingeschaltet haben; schalten Sie also zuerst Space filling oder Polymer atoms ein, wenn Sie diese in der Datei haben möchten. Einen PDB- oder SDF-Export gibt es nicht: Die Exporte sind 3D-Modelle des Bildes, das Sie sehen.
▶Kann ich diesen Viewer in meine eigene Website einbetten?
Ja. Klicken Sie in der Werkzeugleiste auf Einbetten, um ein einzeiliges <iframe>-Snippet zu erzeugen, das Sie in jede HTML-Seite einfügen können. Sie können wählen, ob die Einbettung die Werkzeugleiste des Viewers zeigt.