عرض وتحويل البنية الجزيئية (مجاني)
يعمل في Chrome وFirefox وSafari وEdge مباشرة.
أيضًا من Innerscene: Circadian Lab، حاسبة إضاءة مجانية لشدة الإضاءة في الغرفة وEML الميلانوبي والوهج.
صِف مركّبًا أو بروتينًا أو بلّورة. يعثر عليه الذكاء الاصطناعي في PubChem أو Protein Data Bank، أو يبنيه، ثم يفتحه هنا.
أنشئ نموذجًا بالذكاء الاصطناعي
صف ما تحتاجه، أو أضف صورة، وسيبنيه الذكاء الاصطناعي بالحجم الحقيقي في العارض. اطلب التعديلات في المحادثة ثم صدّره. مجاني، باستخدام مفتاحك الخاص من Anthropic أو OpenAI.
افتح المولد بالذكاء الاصطناعيما هو ملف البنية الجزيئية؟
يخزّن كل ملف جزيئي النواة نفسها: قائمة بالذرات، لكل منها عنصرها وموضعها بالأنغستروم (جزء من عشرة مليارات من المتر). وتختلف الصيغ فيما تضيفه. فبنى البروتينات والأحماض النووية (PDB وmmCIF) تجمع الذرات في وحدات بنائية (residues) وسلاسل وتسجّل الحلزونات والصفائح، وصيغ الجزيئات الصغيرة (SDF وMOL وMOL2) تسرد كل رابطة مع رتبتها، وملف CIF البلوري يحدد خلية الوحدة، وملف GROMACS .gro لقطة لصندوق محاكاة، أما ملف .xyz الكيميائي فيحتوي فقط على عنصر كل ذرة وإحداثياتها.
يقرأ هذا العارض كل هذه الصيغ ويختار طريقة الرسم المناسبة للجزيء. تُفتح البروتينات والأحماض النووية بتمثيل كرتوني لسلاسلها مع الربائط بنموذج الكرة والعصا، وتُفتح الجزيئات الصغيرة بنموذج الكرة والعصا مع رسم الروابط الثنائية والثلاثية والعطرية على شكل أسطوانات متوازية. تُلوَّن الذرات حسب العنصر بألوان Jmol المألوفة، وتعرض طبقة Space filling (ملء الفراغ) كل ذرة بنصف قطر فان دير فالس الخاص بها.
لكل صيغة صفحتها الخاصة بالتفاصيل: عارض PDB، وعارض CIF، وعارض SDF وMOL، وعارض MOL2، وعارض GRO.
من يستخدم ملفات البنية الجزيئية؟
علماء الأحياء البنيوية والكيمياء الحيوية والكيمياء الدوائية الذين يريدون فحص بنية دون فتح PyMOL أو ChimeraX أو Avogadro، والطلاب والمعلمون في دروس الأحياء والكيمياء، والكتّاب العلميون والرسامون، والمصممون والمعماريون ومنظمو المعارض الذين يريدون بروتينًا أو بلورة حقيقية لصورة مُصيَّرة أو طباعة ثلاثية الأبعاد أو منحوتة أو جزء من مبنى.
استخدامات شائعة
- فتح بروتين نُزّل من بنك بيانات البروتين RCSB وتدويره بالأبعاد الثلاثة
- عرض مركّب من PubChem أو ChEMBL بنموذج الكرة والعصا
- فحص بنية بلورية من قاعدة البيانات البلورية المفتوحة (Crystallography Open Database) مع خلية الوحدة
- مشاركة بنية مع صف دراسي أو زميل أو عميل عبر رابط يُفتح في أي متصفح
- تصدير جزيء بصيغة STL أو 3MF لطباعة ثلاثية الأبعاد، أو بصيغة GLB أو FBX أو USDZ لـ Blender أو محرك ألعاب أو الواقع المعزز
الميزات
يفتح كل الصيغ الشائعة
PDB وPDBQT وPQR وmmCIF وCIF وSDF وMOL وMOL2 وGRO وXYZ الكيميائي.
تمثيل كرتوني لكل سلسلة
الحلزونات والصفائح على شكل أشرطة من الملف، أو محسوبة من مسار ذرات Cα، وتُلوَّن السلسلة الواحدة من الأزرق إلى الأحمر، ولكل سلسلة لونها الخاص عند تعدد السلاسل.
DNA وRNA
الأحماض النووية على شكل أنبوب على امتداد الهيكل مع القواعد على شكل عصيّ.
الربائط بنموذج الكرة والعصا
الربائط المرتبطة والعوامل المساعدة والأيونات مرسومة بنموذج الكرة والعصا، ملوّنةً حسب العنصر.
الكرة والعصا
ذرات ملوّنة حسب العنصر، مع رسم الروابط الثنائية والثلاثية والعطرية على شكل أسطوانات متوازية.
ملء الفراغ
طبقة تعرض كل ذرة بنصف قطر فان دير فالس الخاص بها.
التصدير إلى GLB أو STL أو USDZ
احفظ البنية بصيغة GLB أو glTF أو OBJ أو STL أو 3MF أو PLY أو FBX أو USDZ لصورة مُصيَّرة أو طباعة ثلاثية الأبعاد أو الواقع المعزز، أو احفظ المنظر كصورة PNG.
القياس بالأنغستروم
انقر على ذرتين لقياس المسافة بينهما بوحدة Å.
العرض في الواقع الافتراضي
في متصفح نظارة الواقع الافتراضي يقف الجزيء على طاولة أمامك.
لا يُرفع أي شيء
يُقرأ الملف بالكامل في متصفحك. لا حساب ولا رفع ولا نسخة على أي خادم.
المشاركة والتضمين
أرسل رابطًا يفتح الجزيء في أي متصفح، أو ضع العارض في صفحتك بإطار iframe واحد.
التوافق وملاحظات التنسيق
الملفات التي تُفتح: PDB (.pdb و.ent) مع نوعيها PDBQT من AutoDock (.pdbqt) وPQR من APBS (.pqr)، وPDBx/mmCIF وCIF للجزيئات الصغيرة (.cif و.mmcif و.mcif)، وملفات MDL molfile وSD بالإصدارين V2000 وV3000 (.mol و.sdf و.sd)، وTripos MOL2 (.mol2 و.ml2)، وبنى GROMACS (.gro)، وXYZ الكيميائي (.xyz). يُميَّز ملف .xyz الذي يمثل جزيئًا من ملف .xyz الذي يمثل سحابة نقاط من خلال محتواه.
تُفتح البروتينات بتمثيل كرتوني (cartoon): الحلزونات والصفائح على شكل أشرطة، مأخوذة من سجلات البنية الثانوية في الملف إن وُجدت، ومحسوبة من مسار ذرات Cα إن لم توجد، مع الحلقات (loops) على شكل أنبوب دائري. تُلوَّن السلسلة المنفردة على امتداد تسلسلها من الأزرق في بدايتها إلى الأحمر في نهايتها، وعند وجود عدة سلاسل يأخذ كل منها لونه الخاص. يُفتح DNA وRNA على شكل أنبوب على امتداد الهيكل (backbone) مع القواعد على شكل عصيّ. تُرسم الربائط (ligands) بنموذج الكرة والعصا، ملوّنةً حسب العنصر (الكربون رمادي، والأكسجين أحمر، والنيتروجين أزرق، والكبريت أصفر، بألوان Jmol).
تُفتح الجزيئات الصغيرة بنموذج الكرة والعصا، مع طبقة Space filling بجانبه. ملف SD أو MOL2 الذي يضم جزيئات كثيرة يُفتح بطبقة لكل جزيء. يُرسم النموذج الأول فقط من مجموعة نماذج الرنين المغناطيسي النووي (NMR)، والإطار الأول فقط من ملف XYZ متعدد الإطارات.
تُقرأ الإحداثيات بالأنغستروم (Å) وتبقى بهذا المقياس، فتقيس أداة القياس المسافات بوحدة Å. تؤخذ الروابط من الملف حيث يسردها، وتُحسب للبقية من أنصاف الأقطار التساهمية. أما البنى الكبيرة جدًا، مثل قفيصة فيروس كاملة بملايين الذرات، فتُفتح بالتمثيل الكرتوني مع رسم ذراتها على شكل نقاط ليبقى المتصفح سريع الاستجابة.
تضمين العارض في موقعك
أضف العارض إلى موقعك بسطر HTML واحد. اختر التضمين من شريط الأدوات لإنشاء الكود، أو استخدم المثال التالي مع رابط ملفك.
ملفاتك تبقى على جهازك
تُعالج ملفاتك بالكامل في متصفحك. يؤدي اختيار زر المشاركة إلى رفع الملف لمشاركة رابطه. تُحفظ الملفات المشتركة لمدة 90 يومًا ثم تُحذف.
الأسئلة الشائعة
▶ما صيغ الملفات الجزيئية التي تُفتح؟
PDB وPDBQT وPQR، وPDBx/mmCIF وCIF البلوري، وMDL MOL وSDF (V2000 وV3000)، وTripos MOL2، وGROMACS GRO، وXYZ الكيميائي. تُتعرَّف الصيغة من محتوى الملف ومن امتداده معًا.
▶كيف يُرسم الجزيء؟
تُرسم البروتينات والأحماض النووية بتمثيل كرتوني لسلاسلها، مع الربائط بنموذج الكرة والعصا. وتُرسم الجزيئات الصغيرة بنموذج الكرة والعصا، مع الروابط الثنائية والثلاثية والعطرية على شكل أسطوانات متوازية. تُلوَّن كل ذرة حسب العنصر، وتتيح لوحة Layers إظهار العصيّ لكل ذرة وذرات الهيدروجين والماء وملء الفراغ وخلية الوحدة.
▶هل أحتاج إلى PyMOL أو ChimeraX أو برنامج كيمياء آخر؟
لا. يُقرأ الملف ويُرسم في متصفحك على أي حاسوب أو جهاز لوحي أو هاتف. لا يُثبَّت أي شيء ولا يُرفع أي شيء.
▶ما وحدة الإحداثيات؟
الأنغستروم، كما تخزّنها الملفات (ملف GROMACS المكتوب بالنانومتر يُحوَّل إلى الأنغستروم). تقيس أداة القياس المسافات بوحدة Å، فطول الرابطة الأحادية بين ذرتي كربون يبلغ نحو 1.5.
▶هل يمكنني طباعة الجزيء طباعة ثلاثية الأبعاد؟
نعم. صدّر الملف بصيغة STL أو 3MF وافتحه في برنامج التقطيع (slicer). الأشرطة الكرتونية الرفيعة والعصيّ هشة في الأحجام الصغيرة، لذا للحصول على طباعة متينة أظهر طبقة Space filling (أو الكرة والعصا لجزيء صغير) قبل التصدير، وكبّر النموذج في برنامج التقطيع: الأنغستروم الواحد في الملف يساوي وحدة واحدة في الملف المصدَّر.
▶هل يمكنني مشاهدته في الواقع الافتراضي؟
نعم. في متصفح نظارة الواقع الافتراضي (Meta Quest أو Apple Vision Pro أو Pico) انقر على VR في شريط الأدوات، فيقف الجزيء على طاولة أمامك بحجم يمكنك أن تتجول حوله وتقترب منه.
▶هل عارض البنية الجزيئية هذا مجاني فعلًا؟
نعم، مجاني بالكامل. لا تسجيل ولا علامات مائية ولا حد لحجم الملف في العارض (ميزة مشاركة الرابط الاختيارية تقبل رفع ملفات حتى 100 MB). طوّرته Innerscene أداةً للمعماريين والمهندسين والمصممين.
▶هل تُرفع ملفاتي إلى خادم؟
لا. تتم القراءة والرسم والتحويل كلها في متصفحك، ولا يُرفع أي شيء أو يُخزَّن أو يُرسَل افتراضيًا. زر مشاركة هو الميزة الوحيدة التي ترفع ملفًا، وفقط عندما تنقر عليه بنفسك.
▶هل يمكنني التحويل إلى صيغة أخرى؟
نعم. انقر على تصدير في شريط الأدوات لحفظ البنية بصيغة GLB أو glTF أو OBJ أو STL أو 3MF أو PLY أو FBX أو USDZ، أو لحفظ المنظر كصورة PNG. يحمل التصدير الطبقات التي أظهرتها، لذا أظهر طبقة Space filling أو Polymer atoms أولًا إن أردتها في الملف. لا يوجد كاتب لصيغة PDB أو SDF: الملفات المصدَّرة نماذج ثلاثية الأبعاد للصورة التي تراها.
▶هل يمكنني تضمين هذا العارض في موقعي؟
نعم. انقر على تضمين في شريط الأدوات لإنشاء مقتطف <iframe> من سطر واحد يمكنك لصقه في أي صفحة HTML. ويمكنك اختيار إظهار شريط أدوات العارض في التضمين أو إخفائه.