عرض وتحويل CIF (مجاني)
يعمل في Chrome وFirefox وSafari وEdge مباشرة.
أيضًا من Innerscene: Circadian Lab، حاسبة إضاءة مجانية لشدة الإضاءة في الغرفة وEML الميلانوبي والوهج.
صِف مركّبًا أو بروتينًا أو بلّورة. يعثر عليه الذكاء الاصطناعي في PubChem أو Protein Data Bank، أو يبنيه، ثم يفتحه هنا.
أنشئ نموذجًا بالذكاء الاصطناعي
صف ما تحتاجه، أو أضف صورة، وسيبنيه الذكاء الاصطناعي بالحجم الحقيقي في العارض. اطلب التعديلات في المحادثة ثم صدّره. مجاني، باستخدام مفتاحك الخاص من Anthropic أو OpenAI.
افتح المولد بالذكاء الاصطناعيما هو ملف CIF؟
ملف CIF قائمة من العناصر المسمّاة والجداول (كتل loop_) بصياغة STAR. ويستخدمه قاموسان. PDBx/mmCIF هي صيغة الأرشيف في بنك بيانات البروتين: يسرد _atom_site كل ذرة مع وحدتها البنائية وسلسلتها وإحداثياتها الديكارتية، ويحدد _struct_conf و_struct_sheet_range الحلزونات والصفائح، ويسرد _struct_conn الروابط بين الوحدات البنائية والربائط. ليس لها حد لعدد الذرات أو السلاسل، لذا تُنشر المعقدات الكبيرة مثل الريبوسومات بصيغة mmCIF فقط.
CIF الجزيئات الصغيرة هو ما يودعه علماء البلورات لدى مركز كامبريدج لبيانات البلورات (CCDC) وقاعدة البيانات البلورية المفتوحة (COD) ومجلات IUCr. ويعطي خلية الوحدة (_cell_length_a والزوايا)، والمجموعة الفراغية، والإحداثيات الكسرية لذرات الوحدة اللاتماثلية (asymmetric unit).
لصيغة بنك بيانات البروتين الأقدم، راجع عارض PDB، ولكل الصيغ الجزيئية في صفحة واحدة، عارض البنية الجزيئية.
من يستخدم ملفات CIF؟
علماء البلورات وعلماء الأحياء البنيوية، والكيميائيون وعلماء المواد الذين يقرؤون بنى من CCDC أو COD، والطلاب في الكيمياء وعلم المعادن والأحياء، والمصممون والمعماريون الذين يريدون هندسة بلورة أو بروتين حقيقي لصورة مُصيَّرة أو نمط زخرفي أو طباعة ثلاثية الأبعاد.
استخدامات شائعة
- فتح مدخل كبير من بنك بيانات البروتين لا يُنشر إلا بصيغة PDBx/mmCIF
- عرض بنية بلورية من COD أو من المعلومات الداعمة لمقال في مجلة مع خلية الوحدة
- فحص بنية قبل اجتماع فريق أو محاضرة دون فتح Mercury أو PyMOL أو ChimeraX
- مشاركة بلورة أو بروتين عبر رابط يُفتح في أي متصفح
- تصدير البنية بصيغة STL أو 3MF أو GLB أو OBJ لطباعة أو صورة مُصيَّرة أو محرك ألعاب
الميزات
يفتح ملفات .cif
PDBx/mmCIF من بنك بيانات البروتين، وCIF الجزيئات الصغيرة من CCDC وCOD والمجلات العلمية.
البلورات داخل خلية الوحدة
الإحداثيات الكسرية محوَّلة إلى أنغستروم، مع رسم خلية الوحدة على شكل صندوق حول الذرات.
تمثيل كرتوني لكل سلسلة
الحلزونات والصفائح على شكل أشرطة من الملف، أو محسوبة من مسار ذرات Cα، وتُلوَّن السلسلة الواحدة من الأزرق إلى الأحمر، ولكل سلسلة لونها الخاص عند تعدد السلاسل.
DNA وRNA
الأحماض النووية على شكل أنبوب على امتداد الهيكل مع القواعد على شكل عصيّ.
الربائط بنموذج الكرة والعصا
الربائط المرتبطة والعوامل المساعدة والأيونات مرسومة بنموذج الكرة والعصا، ملوّنةً حسب العنصر.
طبقات يمكن إظهارها
ذرات البوليمر، وذرات الهيدروجين، والماء، وملء الفراغ، وخلية الوحدة، كل منها في طبقته الخاصة.
التصدير إلى GLB أو STL أو USDZ
احفظ البنية بصيغة GLB أو glTF أو OBJ أو STL أو 3MF أو PLY أو FBX أو USDZ لصورة مُصيَّرة أو طباعة ثلاثية الأبعاد أو الواقع المعزز، أو احفظ المنظر كصورة PNG.
القياس بالأنغستروم
انقر على ذرتين لقياس المسافة بينهما بوحدة Å.
العرض في الواقع الافتراضي
في متصفح نظارة الواقع الافتراضي يقف الجزيء على طاولة أمامك.
لا يُرفع أي شيء
يُقرأ الملف بالكامل في متصفحك. لا حساب ولا رفع ولا نسخة على أي خادم.
المشاركة والتضمين
أرسل رابطًا يفتح الجزيء في أي متصفح، أو ضع العارض في صفحتك بإطار iframe واحد.
التوافق وملاحظات التنسيق
تُقرأ أول كتلة بيانات فيها إحداثيات ذرية (وتُتخطّى كتلة تفاصيل النشر التي تسبقها إن وُجدت). في mmCIF تُستخدم _atom_site (النموذج الأول، وموقع بديل واحد لكل وحدة بنائية) و_struct_conf و_struct_sheet_range و_struct_conn. وفي CIF الجزيئات الصغيرة تُحوَّل خلية الوحدة والإحداثيات الكسرية إلى أنغستروم ديكارتي، والذرات المرسومة هي التي يسردها الملف (الوحدة اللاتماثلية)، وتُرسم خلية الوحدة على شكل صندوق حولها.
تُفتح البروتينات بتمثيل كرتوني (cartoon): الحلزونات والصفائح على شكل أشرطة، مأخوذة من سجلات البنية الثانوية في الملف إن وُجدت، ومحسوبة من مسار ذرات Cα إن لم توجد، مع الحلقات (loops) على شكل أنبوب دائري. تُلوَّن السلسلة المنفردة على امتداد تسلسلها من الأزرق في بدايتها إلى الأحمر في نهايتها، وعند وجود عدة سلاسل يأخذ كل منها لونه الخاص. يُفتح DNA وRNA على شكل أنبوب على امتداد الهيكل (backbone) مع القواعد على شكل عصيّ. تُرسم الربائط (ligands) بنموذج الكرة والعصا، ملوّنةً حسب العنصر (الكربون رمادي، والأكسجين أحمر، والنيتروجين أزرق، والكبريت أصفر، بألوان Jmol).
كل تمثيل طبقة يمكنك إظهارها وإخفاؤها: Cartoon (التمثيل الكرتوني)، وPolymer atoms (ذرات البوليمر: كل ذرة ثقيلة في السلاسل على شكل عصيّ)، وHydrogens (ذرات الهيدروجين)، وLigands (الربائط)، وWater (الماء)، وSpace filling (ملء الفراغ: كل ذرة ما عدا الماء على شكل كرة بنصف قطر فان دير فالس الخاص بها)، وUnit cell (خلية الوحدة) عندما يحددها الملف. تكون طبقتا Cartoon وLigands ظاهرتين عند فتح الملف، وتنتظر البقية في لوحة Layers (الطبقات).
تُفتح بلورة الجزيء الصغير بنموذج الكرة والعصا مع إظهار طبقة Unit cell، أما في الجزيء الكبير فتبدأ خلية الوحدة مخفية.
تُقرأ الإحداثيات بالأنغستروم (Å) وتبقى بهذا المقياس، فتقيس أداة القياس المسافات بوحدة Å. تؤخذ الروابط من الملف حيث يسردها، وتُحسب للبقية من أنصاف الأقطار التساهمية. أما البنى الكبيرة جدًا، مثل قفيصة فيروس كاملة بملايين الذرات، فتُفتح بالتمثيل الكرتوني مع رسم ذراتها على شكل نقاط ليبقى المتصفح سريع الاستجابة.
تضمين العارض في موقعك
أضف العارض إلى موقعك بسطر HTML واحد. اختر التضمين من شريط الأدوات لإنشاء الكود، أو استخدم المثال التالي مع رابط ملفك.
ملفاتك تبقى على جهازك
تُعالج ملفاتك بالكامل في متصفحك. يؤدي اختيار زر المشاركة إلى رفع الملف لمشاركة رابطه. تُحفظ الملفات المشتركة لمدة 90 يومًا ثم تُحذف.
الأسئلة الشائعة
▶هل يفتح mmCIF وCIF الجزيئات الصغيرة كليهما؟
نعم. ملف PDBx/mmCIF من بنك بيانات البروتين يُفتح بتمثيل كرتوني لسلاسله مع الربائط، وملف CIF البلوري من CCDC أو COD أو مجلة علمية يُفتح بنموذج الكرة والعصا داخل خلية الوحدة. يميّز العارض بينهما من المحتوى.
▶هل يُولَّد الترصيص البلوري من التماثل؟
لا. الذرات المرسومة هي التي يسردها الملف، وهي في CIF الجزيئات الصغيرة الوحدة اللاتماثلية، مع رسم خلية الوحدة حولها.
▶يضم ملف CIF الخاص بي عدة بنى. أيها يُفتح؟
أول بنية فيها إحداثيات ذرية، وتُتخطّى كتلة تفاصيل النشر في أعلى الملف. لعرض بنية أخرى، احفظ كتلتها في ملف مستقل.
▶هل يمكنني فتح البنى الكبيرة جدًا التي لا يوجد لها ملف PDB؟
نعم. الريبوسومات والقفيصات الفيروسية وغيرها من المدخلات المنشورة بصيغة mmCIF فقط تُفتح بتمثيلها الكرتوني، وعندما تتجاوز طبقة ما ربع مليون ذرة تُرسم الذرات على شكل نقاط ليبقى المتصفح سريع الاستجابة.
▶أين ذرات الهيدروجين والماء؟
في طبقتين خاصتين بهما، Hydrogens وWater، تبدآن مخفيتين. أظهرهما من لوحة Layers.
▶هل يمكنني طباعة الجزيء طباعة ثلاثية الأبعاد؟
نعم. صدّر الملف بصيغة STL أو 3MF وافتحه في برنامج التقطيع (slicer). الأشرطة الكرتونية الرفيعة والعصيّ هشة في الأحجام الصغيرة، لذا للحصول على طباعة متينة أظهر طبقة Space filling (أو الكرة والعصا لجزيء صغير) قبل التصدير، وكبّر النموذج في برنامج التقطيع: الأنغستروم الواحد في الملف يساوي وحدة واحدة في الملف المصدَّر.
▶هل عارض CIF هذا مجاني فعلًا؟
نعم، مجاني بالكامل. لا تسجيل ولا علامات مائية ولا حد لحجم الملف في العارض (ميزة مشاركة الرابط الاختيارية تقبل رفع ملفات حتى 100 MB). طوّرته Innerscene أداةً للمعماريين والمهندسين والمصممين.
▶هل تُرفع ملفاتي إلى خادم؟
لا. تتم القراءة والرسم والتحويل كلها في متصفحك، ولا يُرفع أي شيء أو يُخزَّن أو يُرسَل افتراضيًا. زر مشاركة هو الميزة الوحيدة التي ترفع ملفًا، وفقط عندما تنقر عليه بنفسك.
▶هل يمكنني التحويل إلى صيغة أخرى؟
نعم. انقر على تصدير في شريط الأدوات لحفظ البنية بصيغة GLB أو glTF أو OBJ أو STL أو 3MF أو PLY أو FBX أو USDZ، أو لحفظ المنظر كصورة PNG. يحمل التصدير الطبقات التي أظهرتها، لذا أظهر طبقة Space filling أو Polymer atoms أولًا إن أردتها في الملف. لا يوجد كاتب لصيغة PDB أو SDF: الملفات المصدَّرة نماذج ثلاثية الأبعاد للصورة التي تراها.
▶هل يمكنني تضمين هذا العارض في موقعي؟
نعم. انقر على تضمين في شريط الأدوات لإنشاء مقتطف <iframe> من سطر واحد يمكنك لصقه في أي صفحة HTML. ويمكنك اختيار إظهار شريط أدوات العارض في التضمين أو إخفائه.