عرض وتحويل MOL2 (مجاني)
يعمل في Chrome وFirefox وSafari وEdge مباشرة.
أيضًا من Innerscene: Circadian Lab، حاسبة إضاءة مجانية لشدة الإضاءة في الغرفة وEML الميلانوبي والوهج.
صِف مركّبًا أو بروتينًا أو بلّورة. يعثر عليه الذكاء الاصطناعي في PubChem أو Protein Data Bank، أو يبنيه، ثم يفتحه هنا.
أنشئ نموذجًا بالذكاء الاصطناعي
صف ما تحتاجه، أو أضف صورة، وسيبنيه الذكاء الاصطناعي بالحجم الحقيقي في العارض. اطلب التعديلات في المحادثة ثم صدّره. مجاني، باستخدام مفتاحك الخاص من Anthropic أو OpenAI.
افتح المولد بالذكاء الاصطناعيما هو ملف MOL2؟
ملف .mol2 نص عادي مقسّم إلى أقسام تبدأ بوسم @<TRIPOS>. يسمّي @<TRIPOS>MOLECULE الجزيء ويعطي أعداده، ويسرد @<TRIPOS>ATOM كل ذرة مع اسمها وإحداثياتها ونوع ذرة SYBYL الخاص بها (مثل C.ar لكربون عطري أو N.am لنيتروجين أميدي) ووحدتها البنائية وشحنتها الجزئية، ويسرد @<TRIPOS>BOND كل رابطة مع نوعها (1 و2 و3 وar وam).
يمكن أن يضم الملف جزيئات كثيرة واحدًا تلو الآخر، وهي الطريقة التي تُوزَّع بها غالبًا مكتبات الالتحام ومجموعات الفرز الافتراضي. تقرؤه وتكتبه UCSF Chimera وChimeraX وOpen Babel وAutoDock Tools وDOCK وGOLD وSYBYL جميعها.
لصيغ MDL، راجع عارض SDF وMOL، وللبروتينات، عارض PDB، ولكل الصيغ الجزيئية في صفحة واحدة، عارض البنية الجزيئية.
من يستخدم ملفات MOL2؟
الكيميائيون الحاسوبيون وفرق اكتشاف الأدوية الذين يجهّزون الربائط والمستقبلات للالتحام، والباحثون العاملون مع مكتبات الفرز الافتراضي، والطلاب في مقررات النمذجة الجزيئية، وكل من يصله ملف .mol2 وليس لديه Chimera أو SYBYL.
استخدامات شائعة
- فحص ربيطة مجهّزة للالتحام قبل التشغيل
- تصفح جزيئات مكتبة فرز، بطبقة لكل جزيء
- مقارنة الأوضاع الملتحمة أو المطابقات المحفوظة معًا في ملف واحد
- مشاركة ربيطة التحام مع زميل عبر رابط يُفتح في أي متصفح
- تصدير جزيء بصيغة GLB أو OBJ أو STL لصورة مُصيَّرة أو شريحة عرض أو طباعة ثلاثية الأبعاد
الميزات
يفتح ملفات .mol2
ملفات Tripos MOL2 التي تضم جزيئًا واحدًا أو جزيئات كثيرة.
قراءة أنواع SYBYL
العناصر من أنواع ذرات SYBYL ورتب الروابط من أنواع الروابط، بما فيها الروابط العطرية.
الكرة والعصا
ذرات ملوّنة حسب العنصر، مع رسم الروابط الثنائية والثلاثية والعطرية على شكل أسطوانات متوازية.
ملء الفراغ
طبقة تعرض كل ذرة بنصف قطر فان دير فالس الخاص بها.
طبقة لكل جزيء
الملف الذي يضم جزيئات كثيرة يُفتح وكل جزيء في طبقته الخاصة، مسمّاة من الملف.
التصدير إلى GLB أو STL أو USDZ
احفظ البنية بصيغة GLB أو glTF أو OBJ أو STL أو 3MF أو PLY أو FBX أو USDZ لصورة مُصيَّرة أو طباعة ثلاثية الأبعاد أو الواقع المعزز، أو احفظ المنظر كصورة PNG.
القياس بالأنغستروم
انقر على ذرتين لقياس المسافة بينهما بوحدة Å.
العرض في الواقع الافتراضي
في متصفح نظارة الواقع الافتراضي يقف الجزيء على طاولة أمامك.
لا يُرفع أي شيء
يُقرأ الملف بالكامل في متصفحك. لا حساب ولا رفع ولا نسخة على أي خادم.
المشاركة والتضمين
أرسل رابطًا يفتح الجزيء في أي متصفح، أو ضع العارض في صفحتك بإطار iframe واحد.
التوافق وملاحظات التنسيق
تُقرأ أقسام MOLECULE وATOM وBOND. يؤخذ العنصر من نوع ذرة SYBYL، وتصبح أنواع الروابط روابط أحادية وثنائية وثلاثية وعطرية، وتُرسم روابط الأميد روابط أحادية. الملف الذي يضم جزيئات كثيرة يُفتح بطبقة لكل جزيء، مسمّاة من قسم MOLECULE الخاص به، لأول 200 جزيء، ويحصي سطر الحالة البقية.
تُفتح الجزيئات بنموذج الكرة والعصا، ملوّنة حسب العنصر بألوان Jmol، مع رسم الروابط الثنائية والثلاثية على شكل أسطوانات متوازية وطبقة Space filling بجانبها.
تُقرأ الإحداثيات بالأنغستروم (Å) وتبقى بهذا المقياس، فتقيس أداة القياس المسافات بوحدة Å. تؤخذ الروابط من الملف حيث يسردها، وتُحسب للبقية من أنصاف الأقطار التساهمية. أما البنى الكبيرة جدًا، مثل قفيصة فيروس كاملة بملايين الذرات، فتُفتح بالتمثيل الكرتوني مع رسم ذراتها على شكل نقاط ليبقى المتصفح سريع الاستجابة.
تضمين العارض في موقعك
أضف العارض إلى موقعك بسطر HTML واحد. اختر التضمين من شريط الأدوات لإنشاء الكود، أو استخدم المثال التالي مع رابط ملفك.
ملفاتك تبقى على جهازك
تُعالج ملفاتك بالكامل في متصفحك. يؤدي اختيار زر المشاركة إلى رفع الملف لمشاركة رابطه. تُحفظ الملفات المشتركة لمدة 90 يومًا ثم تُحذف.
الأسئلة الشائعة
▶هل يُفتح ملف MOL2 الذي يضم جزيئات كثيرة؟
نعم. كل جزيء في طبقته الخاصة، مسمّاة من قسم MOLECULE الخاص به، فيمكنك عرض جزيء واحد أو عدة جزيئات أو كلها.
▶هل تُستخدم أنواع ذرات SYBYL وأنواع الروابط؟
نعم. يؤخذ عنصر كل ذرة من نوع SYBYL الخاص بها (C.3 وC.ar وN.pl3 وغيرها)، وتُرسم أنواع الروابط 1 و2 و3 وar روابط أحادية وثنائية وثلاثية وعطرية.
▶هل تُعرض الشحنات الجزئية؟
لا. تُلوَّن الذرات حسب العنصر، ويتخطى العارض عمود الشحنة عند القراءة.
▶كم جزيئًا من المكتبة يُرسم؟
أول 200 جزيء في الملف، كل منها في طبقته الخاصة. يذكر سطر الحالة عدد الجزيئات في الملف، فتعرف متى تقسّم مكتبة كبيرة إلى ملفات أصغر.
▶هل أحتاج إلى Chimera أو SYBYL أو Open Babel؟
لا. يُقرأ الملف ويُرسم في متصفحك، على أي حاسوب أو جهاز لوحي أو هاتف.
▶هل يمكنني طباعة الجزيء طباعة ثلاثية الأبعاد؟
نعم. صدّر الملف بصيغة STL أو 3MF وافتحه في برنامج التقطيع (slicer). الأشرطة الكرتونية الرفيعة والعصيّ هشة في الأحجام الصغيرة، لذا للحصول على طباعة متينة أظهر طبقة Space filling (أو الكرة والعصا لجزيء صغير) قبل التصدير، وكبّر النموذج في برنامج التقطيع: الأنغستروم الواحد في الملف يساوي وحدة واحدة في الملف المصدَّر.
▶هل عارض MOL2 هذا مجاني فعلًا؟
نعم، مجاني بالكامل. لا تسجيل ولا علامات مائية ولا حد لحجم الملف في العارض (ميزة مشاركة الرابط الاختيارية تقبل رفع ملفات حتى 100 MB). طوّرته Innerscene أداةً للمعماريين والمهندسين والمصممين.
▶هل تُرفع ملفاتي إلى خادم؟
لا. تتم القراءة والرسم والتحويل كلها في متصفحك، ولا يُرفع أي شيء أو يُخزَّن أو يُرسَل افتراضيًا. زر مشاركة هو الميزة الوحيدة التي ترفع ملفًا، وفقط عندما تنقر عليه بنفسك.
▶هل يمكنني التحويل إلى صيغة أخرى؟
نعم. انقر على تصدير في شريط الأدوات لحفظ البنية بصيغة GLB أو glTF أو OBJ أو STL أو 3MF أو PLY أو FBX أو USDZ، أو لحفظ المنظر كصورة PNG. يحمل التصدير الطبقات التي أظهرتها، لذا أظهر طبقة Space filling أو Polymer atoms أولًا إن أردتها في الملف. لا يوجد كاتب لصيغة PDB أو SDF: الملفات المصدَّرة نماذج ثلاثية الأبعاد للصورة التي تراها.
▶هل يمكنني تضمين هذا العارض في موقعي؟
نعم. انقر على تضمين في شريط الأدوات لإنشاء مقتطف <iframe> من سطر واحد يمكنك لصقه في أي صفحة HTML. ويمكنك اختيار إظهار شريط أدوات العارض في التضمين أو إخفائه.