عرض وتحويل PDB (مجاني)
يعمل في Chrome وFirefox وSafari وEdge مباشرة.
أيضًا من Innerscene: Circadian Lab، حاسبة إضاءة مجانية لشدة الإضاءة في الغرفة وEML الميلانوبي والوهج.
صِف مركّبًا أو بروتينًا أو بلّورة. يعثر عليه الذكاء الاصطناعي في PubChem أو Protein Data Bank، أو يبنيه، ثم يفتحه هنا.
أنشئ نموذجًا بالذكاء الاصطناعي
صف ما تحتاجه، أو أضف صورة، وسيبنيه الذكاء الاصطناعي بالحجم الحقيقي في العارض. اطلب التعديلات في المحادثة ثم صدّره. مجاني، باستخدام مفتاحك الخاص من Anthropic أو OpenAI.
افتح المولد بالذكاء الاصطناعيما هو ملف PDB؟
ملف .pdb نص عادي بأعمدة ثابتة. تعطي سجلات ATOM وHETATM كل ذرة اسمها وعنصرها ووحدتها البنائية وسلسلتها وإحداثياتها، وتحدد سجلات HELIX وSHEET البنية الثانوية، وتسرد سجلات CONECT روابط الربائط والوحدات البنائية غير المألوفة، ويعطي CRYST1 خلية الوحدة للبلورة، وتحمل كتل MODEL نماذج مجموعة الرنين المغناطيسي النووي (NMR). تتسع الصيغة لـ 99,999 ذرة و62 سلسلة كحد أقصى، لذا تُنشر أكبر مدخلات بنك بيانات البروتين بصيغة PDBx/mmCIF فقط.
تشترك ثلاثة أنواع في هذا التخطيط. .ent هو الاسم الذي يعطيه أرشيف wwPDB لملفات PDB الخاصة به (pdb1abc.ent). أما PDBQT، الذي تكتبه AutoDock Tools وOpen Babel وMeeko لبرنامجي AutoDock وAutoDock Vina، فيضيف الشحنات الجزئية وأنواع ذرات AutoDock لمستقبلات الالتحام (docking) وربائطه. وPQR، الذي يكتبه PDB2PQR لبرنامج APBS، يضع شحنة كل ذرة ونصف قطرها في العمودين اللذين يستخدمهما PDB للإشغال (occupancy) ومعامل الحرارة.
للجزيئات الصغيرة، راجع عارض SDF وMOL، ولكل الصيغ الجزيئية في صفحة واحدة، عارض البنية الجزيئية.
من يستخدم ملفات PDB؟
علماء الأحياء البنيوية والكيمياء الحيوية، وفرق اكتشاف الأدوية التي تقرأ نتائج الالتحام، والطلاب والمعلمون في دروس الأحياء والكيمياء، وعلماء المعلوماتية الحيوية، والرسامون العلميون، والمصممون الذين يريدون بروتينًا حقيقيًا لصورة مُصيَّرة أو رسوم متحركة أو نموذج مطبوع بالأبعاد الثلاثة.
استخدامات شائعة
- عرض بروتين من RCSB PDB أو PDBe أو PDBj دون تثبيت PyMOL أو ChimeraX
- فحص نتيجة التحام: المستقبل والربيطة الملتحمة من AutoDock Vina بصيغة PDBQT
- عرض بنية على صف دراسي أو عميل عبر رابط يُفتح في أي متصفح
- تصدير بروتين بصيغة STL أو 3MF لنموذج مطبوع بالأبعاد الثلاثة
- نقل بروتين إلى Blender أو محرك ألعاب أو مشهد واقع معزز بصيغة GLB أو FBX أو USDZ
الميزات
يفتح ملفات .pdb
بنى بنك بيانات البروتين، وملفات .ent من wwPDB، وPDBQT من AutoDock، وPQR من APBS.
تمثيل كرتوني لكل سلسلة
الحلزونات والصفائح على شكل أشرطة من الملف، أو محسوبة من مسار ذرات Cα، وتُلوَّن السلسلة الواحدة من الأزرق إلى الأحمر، ولكل سلسلة لونها الخاص عند تعدد السلاسل.
DNA وRNA
الأحماض النووية على شكل أنبوب على امتداد الهيكل مع القواعد على شكل عصيّ.
الربائط بنموذج الكرة والعصا
الربائط المرتبطة والعوامل المساعدة والأيونات مرسومة بنموذج الكرة والعصا، ملوّنةً حسب العنصر.
طبقات يمكن إظهارها
ذرات البوليمر على شكل عصيّ، وذرات الهيدروجين، والماء، وملء الفراغ، وخلية الوحدة، كل منها في طبقته الخاصة.
التصدير إلى GLB أو STL أو USDZ
احفظ البنية بصيغة GLB أو glTF أو OBJ أو STL أو 3MF أو PLY أو FBX أو USDZ لصورة مُصيَّرة أو طباعة ثلاثية الأبعاد أو الواقع المعزز، أو احفظ المنظر كصورة PNG.
القياس بالأنغستروم
انقر على ذرتين لقياس المسافة بينهما بوحدة Å.
العرض في الواقع الافتراضي
في متصفح نظارة الواقع الافتراضي يقف الجزيء على طاولة أمامك.
لا يُرفع أي شيء
يُقرأ الملف بالكامل في متصفحك. لا حساب ولا رفع ولا نسخة على أي خادم.
المشاركة والتضمين
أرسل رابطًا يفتح الجزيء في أي متصفح، أو ضع العارض في صفحتك بإطار iframe واحد.
التوافق وملاحظات التنسيق
تُقرأ سجلات ATOM وHETATM وHELIX وSHEET وCONECT وCRYST1. يؤخذ العنصر من عموده الخاص، أو من اسم الذرة عندما يكون ذلك العمود فارغًا (كما في كثير من الملفات القديمة ومخرجات الالتحام). يُرسم النموذج الأول فقط من الملف متعدد النماذج، والموقع البديل الأول فقط لكل ذرة. تُفتح ملفات PDBQT وPQR بالطريقة نفسها، مع تخطّي أعمدتها الإضافية.
تُفتح البروتينات بتمثيل كرتوني (cartoon): الحلزونات والصفائح على شكل أشرطة، مأخوذة من سجلات البنية الثانوية في الملف إن وُجدت، ومحسوبة من مسار ذرات Cα إن لم توجد، مع الحلقات (loops) على شكل أنبوب دائري. تُلوَّن السلسلة المنفردة على امتداد تسلسلها من الأزرق في بدايتها إلى الأحمر في نهايتها، وعند وجود عدة سلاسل يأخذ كل منها لونه الخاص. يُفتح DNA وRNA على شكل أنبوب على امتداد الهيكل (backbone) مع القواعد على شكل عصيّ. تُرسم الربائط (ligands) بنموذج الكرة والعصا، ملوّنةً حسب العنصر (الكربون رمادي، والأكسجين أحمر، والنيتروجين أزرق، والكبريت أصفر، بألوان Jmol).
كل تمثيل طبقة يمكنك إظهارها وإخفاؤها: Cartoon (التمثيل الكرتوني)، وPolymer atoms (ذرات البوليمر: كل ذرة ثقيلة في السلاسل على شكل عصيّ)، وHydrogens (ذرات الهيدروجين)، وLigands (الربائط)، وWater (الماء)، وSpace filling (ملء الفراغ: كل ذرة ما عدا الماء على شكل كرة بنصف قطر فان دير فالس الخاص بها)، وUnit cell (خلية الوحدة) عندما يحددها الملف. تكون طبقتا Cartoon وLigands ظاهرتين عند فتح الملف، وتنتظر البقية في لوحة Layers (الطبقات).
تُقرأ الإحداثيات بالأنغستروم (Å) وتبقى بهذا المقياس، فتقيس أداة القياس المسافات بوحدة Å. تؤخذ الروابط من الملف حيث يسردها، وتُحسب للبقية من أنصاف الأقطار التساهمية. أما البنى الكبيرة جدًا، مثل قفيصة فيروس كاملة بملايين الذرات، فتُفتح بالتمثيل الكرتوني مع رسم ذراتها على شكل نقاط ليبقى المتصفح سريع الاستجابة.
تضمين العارض في موقعك
أضف العارض إلى موقعك بسطر HTML واحد. اختر التضمين من شريط الأدوات لإنشاء الكود، أو استخدم المثال التالي مع رابط ملفك.
ملفاتك تبقى على جهازك
تُعالج ملفاتك بالكامل في متصفحك. يؤدي اختيار زر المشاركة إلى رفع الملف لمشاركة رابطه. تُحفظ الملفات المشتركة لمدة 90 يومًا ثم تُحذف.
الأسئلة الشائعة
▶كيف أفتح بنية من بنك بيانات البروتين؟
في صفحة المدخل على rcsb.org أو PDBe أو PDBj، اختر Download Files ثم PDB Format (أو PDBx/mmCIF للمدخلات الكبيرة)، ثم أفلت الملف على العارض. تُفتح الصيغتان كلتاهما.
▶لماذا يظهر البروتين على شكل أشرطة؟
يُظهر التمثيل الكرتوني طيّ كل سلسلة بنظرة واحدة. لرؤية كل ذرة، أظهر طبقة Polymer atoms (عصيّ) أو Space filling (كرات) في لوحة Layers، وأخفِ طبقة Cartoon إن شئت.
▶هل تُفتح ملفات PDBQT وPQR؟
نعم. تُفتح ملفات PDBQT من AutoDock وAutoDock Vina (المستقبلات والربائط والأوضاع الملتحمة) وملفات PQR من APBS مثل ملفات PDB. ملف PDBQT الذي يضم عدة أوضاع ملتحمة يعرض الوضع الأول.
▶أي نموذج من بنية الرنين المغناطيسي النووي (NMR) يُعرض؟
النموذج الأول من المجموعة. أما النماذج الأخرى فيتخطاها العارض عند القراءة.
▶أين ذرات الهيدروجين والماء؟
إنها في طبقتين خاصتين بهما، Hydrogens وWater، تبدآن مخفيتين لتبقى البنية واضحة. أظهرهما من لوحة Layers.
▶هل يمكنني طباعة الجزيء طباعة ثلاثية الأبعاد؟
نعم. صدّر الملف بصيغة STL أو 3MF وافتحه في برنامج التقطيع (slicer). الأشرطة الكرتونية الرفيعة والعصيّ هشة في الأحجام الصغيرة، لذا للحصول على طباعة متينة أظهر طبقة Space filling (أو الكرة والعصا لجزيء صغير) قبل التصدير، وكبّر النموذج في برنامج التقطيع: الأنغستروم الواحد في الملف يساوي وحدة واحدة في الملف المصدَّر.
▶هل عارض PDB هذا مجاني فعلًا؟
نعم، مجاني بالكامل. لا تسجيل ولا علامات مائية ولا حد لحجم الملف في العارض (ميزة مشاركة الرابط الاختيارية تقبل رفع ملفات حتى 100 MB). طوّرته Innerscene أداةً للمعماريين والمهندسين والمصممين.
▶هل تُرفع ملفاتي إلى خادم؟
لا. تتم القراءة والرسم والتحويل كلها في متصفحك، ولا يُرفع أي شيء أو يُخزَّن أو يُرسَل افتراضيًا. زر مشاركة هو الميزة الوحيدة التي ترفع ملفًا، وفقط عندما تنقر عليه بنفسك.
▶هل يمكنني التحويل إلى صيغة أخرى؟
نعم. انقر على تصدير في شريط الأدوات لحفظ البنية بصيغة GLB أو glTF أو OBJ أو STL أو 3MF أو PLY أو FBX أو USDZ، أو لحفظ المنظر كصورة PNG. يحمل التصدير الطبقات التي أظهرتها، لذا أظهر طبقة Space filling أو Polymer atoms أولًا إن أردتها في الملف. لا يوجد كاتب لصيغة PDB أو SDF: الملفات المصدَّرة نماذج ثلاثية الأبعاد للصورة التي تراها.
▶هل يمكنني تضمين هذا العارض في موقعي؟
نعم. انقر على تضمين في شريط الأدوات لإنشاء مقتطف <iframe> من سطر واحد يمكنك لصقه في أي صفحة HTML. ويمكنك اختيار إظهار شريط أدوات العارض في التضمين أو إخفائه.