عرض وتحويل GRO (مجاني)
يعمل في Chrome وFirefox وSafari وEdge مباشرة.
أيضًا من Innerscene: Circadian Lab، حاسبة إضاءة مجانية لشدة الإضاءة في الغرفة وEML الميلانوبي والوهج.
صِف مركّبًا أو بروتينًا أو بلّورة. يعثر عليه الذكاء الاصطناعي في PubChem أو Protein Data Bank، أو يبنيه، ثم يفتحه هنا.
أنشئ نموذجًا بالذكاء الاصطناعي
صف ما تحتاجه، أو أضف صورة، وسيبنيه الذكاء الاصطناعي بالحجم الحقيقي في العارض. اطلب التعديلات في المحادثة ثم صدّره. مجاني، باستخدام مفتاحك الخاص من Anthropic أو OpenAI.
افتح المولد بالذكاء الاصطناعيما هو ملف GRO؟
ملف .gro نص عادي. السطر الأول عنوان، والثاني عدد الذرات، وكل سطر ذرة يعطي رقم الوحدة البنائية واسمها، واسم الذرة ورقمها، وموضعها x وy وz بالنانومتر، وقد تليها السرعات. السطر الأخير هو الصندوق: ثلاثة أطوال لصندوق مستطيل، وتسعة أعداد لصندوق ثلاثي الميل (triclinic).
يكتب GROMACS ملفات .gro عند بناء نظام (gmx pdb2gmx وgmx solvate وgmx genion) وفي نهاية التشغيل (confout.gro)، ويكتب gmx trjconv إطارات المسار (trajectory) بصيغة .gro. يتكون النظام عادةً من بروتين أو غشاء محاط بآلاف جزيئات الماء والأيونات.
لصيغة بنك بيانات البروتين، راجع عارض PDB، ولكل الصيغ الجزيئية في صفحة واحدة، عارض البنية الجزيئية.
من يستخدم ملفات GRO؟
الباحثون والطلاب الذين يجرون محاكاة الديناميكا الجزيئية باستخدام GROMACS، وعلماء الفيزياء الحيوية الذين يحاكون البروتينات والأغشية، ومعلمو مقررات الكيمياء الحاسوبية، وكل من يريد نظرة سريعة على نظام من حاسوب محمول أو جهاز لوحي أو هاتف بعيدًا عن العنقود الحاسوبي.
استخدامات شائعة
- فحص نظام مذاب ومؤيَّن قبل بدء التشغيل
- عرض الإطار الأخير من محاكاة دون نسخه إلى محطة عمل فيها VMD
- رؤية صندوق المحاكاة حول بروتين أو غشاء
- مشاركة لقطة مع مشرف أو زميل عبر رابط يُفتح في أي متصفح
- تصدير إطار بصيغة GLB أو OBJ لشكل توضيحي أو صورة مُصيَّرة أو شريحة عرض
الميزات
يفتح ملفات .gro
بنى GROMACS ولقطاته، محوَّلة من النانومتر إلى الأنغستروم.
صندوق المحاكاة
صندوق مستطيل مرسوم على شكل طبقة Unit cell.
تمثيل كرتوني لكل سلسلة
الحلزونات والصفائح على شكل أشرطة من الملف، أو محسوبة من مسار ذرات Cα، وتُلوَّن السلسلة الواحدة من الأزرق إلى الأحمر، ولكل سلسلة لونها الخاص عند تعدد السلاسل.
DNA وRNA
الأحماض النووية على شكل أنبوب على امتداد الهيكل مع القواعد على شكل عصيّ.
الربائط بنموذج الكرة والعصا
الربائط المرتبطة والعوامل المساعدة والأيونات مرسومة بنموذج الكرة والعصا، ملوّنةً حسب العنصر.
الماء والأيونات في طبقاتها الخاصة
يبدأ الماء في طبقة مخفية ليظهر البروتين أو الغشاء.
التصدير إلى GLB أو STL أو USDZ
احفظ البنية بصيغة GLB أو glTF أو OBJ أو STL أو 3MF أو PLY أو FBX أو USDZ لصورة مُصيَّرة أو طباعة ثلاثية الأبعاد أو الواقع المعزز، أو احفظ المنظر كصورة PNG.
القياس بالأنغستروم
انقر على ذرتين لقياس المسافة بينهما بوحدة Å.
العرض في الواقع الافتراضي
في متصفح نظارة الواقع الافتراضي يقف الجزيء على طاولة أمامك.
لا يُرفع أي شيء
يُقرأ الملف بالكامل في متصفحك. لا حساب ولا رفع ولا نسخة على أي خادم.
المشاركة والتضمين
أرسل رابطًا يفتح الجزيء في أي متصفح، أو ضع العارض في صفحتك بإطار iframe واحد.
التوافق وملاحظات التنسيق
تُقرأ أسطر الذرات وسطر الصندوق. تُحوَّل المواضع من النانومتر إلى الأنغستروم، فتقاس البنية بالقيم نفسها التي يعطيها ملف PDB الخاص بها. يُستنتج عنصر كل ذرة من اسمها واسم وحدتها البنائية، وتُستنتج الروابط من أنصاف الأقطار التساهمية (ملف .gro لا يسرد أي روابط). يُرسم الصندوق المستطيل على شكل طبقة Unit cell. يتخطى العارض السرعات، ويُرسم الإطار الأول فقط من ملف يضم عدة إطارات.
تُفتح البروتينات بتمثيل كرتوني (cartoon): الحلزونات والصفائح على شكل أشرطة، مأخوذة من سجلات البنية الثانوية في الملف إن وُجدت، ومحسوبة من مسار ذرات Cα إن لم توجد، مع الحلقات (loops) على شكل أنبوب دائري. تُلوَّن السلسلة المنفردة على امتداد تسلسلها من الأزرق في بدايتها إلى الأحمر في نهايتها، وعند وجود عدة سلاسل يأخذ كل منها لونه الخاص. يُفتح DNA وRNA على شكل أنبوب على امتداد الهيكل (backbone) مع القواعد على شكل عصيّ. تُرسم الربائط (ligands) بنموذج الكرة والعصا، ملوّنةً حسب العنصر (الكربون رمادي، والأكسجين أحمر، والنيتروجين أزرق، والكبريت أصفر، بألوان Jmol).
كل تمثيل طبقة يمكنك إظهارها وإخفاؤها: Cartoon (التمثيل الكرتوني)، وPolymer atoms (ذرات البوليمر: كل ذرة ثقيلة في السلاسل على شكل عصيّ)، وHydrogens (ذرات الهيدروجين)، وLigands (الربائط)، وWater (الماء)، وSpace filling (ملء الفراغ: كل ذرة ما عدا الماء على شكل كرة بنصف قطر فان دير فالس الخاص بها)، وUnit cell (خلية الوحدة) عندما يحددها الملف. تكون طبقتا Cartoon وLigands ظاهرتين عند فتح الملف، وتنتظر البقية في لوحة Layers (الطبقات).
تُقرأ الإحداثيات بالأنغستروم (Å) وتبقى بهذا المقياس، فتقيس أداة القياس المسافات بوحدة Å. تؤخذ الروابط من الملف حيث يسردها، وتُحسب للبقية من أنصاف الأقطار التساهمية. أما البنى الكبيرة جدًا، مثل قفيصة فيروس كاملة بملايين الذرات، فتُفتح بالتمثيل الكرتوني مع رسم ذراتها على شكل نقاط ليبقى المتصفح سريع الاستجابة.
تضمين العارض في موقعك
أضف العارض إلى موقعك بسطر HTML واحد. اختر التضمين من شريط الأدوات لإنشاء الكود، أو استخدم المثال التالي مع رابط ملفك.
ملفاتك تبقى على جهازك
تُعالج ملفاتك بالكامل في متصفحك. يؤدي اختيار زر المشاركة إلى رفع الملف لمشاركة رابطه. تُحفظ الملفات المشتركة لمدة 90 يومًا ثم تُحذف.
الأسئلة الشائعة
▶لماذا يُفتح نظامي دون الماء؟
تبدأ طبقة Water مخفية ليظهر البروتين أو الغشاء. أظهرها من لوحة Layers لرؤية المذيب.
▶ما الوحدات المستخدمة؟
يخزّن GROMACS القيم بالنانومتر، ويحوّلها العارض إلى الأنغستروم، وحدة الصيغ الجزيئية الأخرى، فتقيس أداة القياس بوحدة Å.
▶هل يُعرض صندوق المحاكاة؟
الصندوق المستطيل يُعرض، على شكل طبقة Unit cell مرسومة من السطر الأخير في الملف. أما الصندوق ثلاثي الميل (تسعة أعداد) فيتخطاه العارض.
▶هل يمكنني تشغيل مسار؟
لا. يرسم العارض إطارًا واحدًا: الإطار الأول في الملف. استخدم gmx trjconv -dump لكتابة الإطار الذي تريده في ملف .gro مستقل.
▶كيف تُستنتج الروابط؟
ملف .gro لا يحتوي على أي روابط، لذا تُستنتج من المسافة بين الذرات وأنصاف أقطارها التساهمية.
▶هل يمكنني طباعة الجزيء طباعة ثلاثية الأبعاد؟
نعم. صدّر الملف بصيغة STL أو 3MF وافتحه في برنامج التقطيع (slicer). الأشرطة الكرتونية الرفيعة والعصيّ هشة في الأحجام الصغيرة، لذا للحصول على طباعة متينة أظهر طبقة Space filling (أو الكرة والعصا لجزيء صغير) قبل التصدير، وكبّر النموذج في برنامج التقطيع: الأنغستروم الواحد في الملف يساوي وحدة واحدة في الملف المصدَّر.
▶هل عارض GRO هذا مجاني فعلًا؟
نعم، مجاني بالكامل. لا تسجيل ولا علامات مائية ولا حد لحجم الملف في العارض (ميزة مشاركة الرابط الاختيارية تقبل رفع ملفات حتى 100 MB). طوّرته Innerscene أداةً للمعماريين والمهندسين والمصممين.
▶هل تُرفع ملفاتي إلى خادم؟
لا. تتم القراءة والرسم والتحويل كلها في متصفحك، ولا يُرفع أي شيء أو يُخزَّن أو يُرسَل افتراضيًا. زر مشاركة هو الميزة الوحيدة التي ترفع ملفًا، وفقط عندما تنقر عليه بنفسك.
▶هل يمكنني التحويل إلى صيغة أخرى؟
نعم. انقر على تصدير في شريط الأدوات لحفظ البنية بصيغة GLB أو glTF أو OBJ أو STL أو 3MF أو PLY أو FBX أو USDZ، أو لحفظ المنظر كصورة PNG. يحمل التصدير الطبقات التي أظهرتها، لذا أظهر طبقة Space filling أو Polymer atoms أولًا إن أردتها في الملف. لا يوجد كاتب لصيغة PDB أو SDF: الملفات المصدَّرة نماذج ثلاثية الأبعاد للصورة التي تراها.
▶هل يمكنني تضمين هذا العارض في موقعي؟
نعم. انقر على تضمين في شريط الأدوات لإنشاء مقتطف <iframe> من سطر واحد يمكنك لصقه في أي صفحة HTML. ويمكنك اختيار إظهار شريط أدوات العارض في التضمين أو إخفائه.