عرض وتحويل SDF / MOL (مجاني)
يعمل في Chrome وFirefox وSafari وEdge مباشرة.
أيضًا من Innerscene: Circadian Lab، حاسبة إضاءة مجانية لشدة الإضاءة في الغرفة وEML الميلانوبي والوهج.
صِف مركّبًا أو بروتينًا أو بلّورة. يعثر عليه الذكاء الاصطناعي في PubChem أو Protein Data Bank، أو يبنيه، ثم يفتحه هنا.
أنشئ نموذجًا بالذكاء الاصطناعي
صف ما تحتاجه، أو أضف صورة، وسيبنيه الذكاء الاصطناعي بالحجم الحقيقي في العارض. اطلب التعديلات في المحادثة ثم صدّره. مجاني، باستخدام مفتاحك الخاص من Anthropic أو OpenAI.
افتح المولد بالذكاء الاصطناعيما هو ملف SDF / MOL؟
يبدأ ملف .mol (MDL molfile) بترويسة من ثلاثة أسطر وسطر للأعداد، ثم كتلة الذرات (إحداثيات كل ذرة وعنصرها) وكتلة الروابط (ذرتا كل رابطة ورتبتها: أحادية أو ثنائية أو ثلاثية أو عطرية). يستخدم التخطيط الكلاسيكي V2000 أعمدة ثابتة، ويكتب التخطيط V3000 البيانات نفسها في أسطر M V30 دون حد الـ 999 ذرة.
ملف .sdf أو .sd (ملف البنية والبيانات، structure-data file) سلسلة من ملفات molfile، يليها كل منها حقول بيانات مسمّاة (معرّف، واسم، وقيمة مقيسة) وينتهي بسطر $$$$. تقدّم PubChem وChEMBL وZINC ومعظم موردي المركّبات مكتباتهم على شكل ملفات SD.
للبروتينات، راجع عارض PDB، ولصيغة Tripos التي تستخدمها برامج الالتحام، عارض MOL2، ولكل الصيغ الجزيئية في صفحة واحدة، عارض البنية الجزيئية.
من يستخدم ملفات SDF / MOL؟
الكيميائيون الدوائيون والعضويون، وعلماء المعلوماتية الكيميائية العاملون مع مكتبات المركّبات، والطلاب والمعلمون في دروس الكيمياء، والباحثون الذين ينزّلون مركّبات من PubChem أو ChEMBL، والمصممون الذين يريدون جزيئًا حقيقيًا (الكافيين، أو مادة عطرية، أو صبغة) لصورة مُصيَّرة أو دراسة شعار أو طباعة ثلاثية الأبعاد.
استخدامات شائعة
- عرض مركّب نُزّل من PubChem على شكل مطابق (conformer) ثلاثي الأبعاد
- تصفح جزيئات ملف SD، بطبقة لكل جزيء
- فحص روابط وحلقات بنية رُسمت في ChemDraw أو برنامج رسم آخر
- مشاركة جزيء عبر رابط يُفتح في أي متصفح
- تصدير جزيء بصيغة STL أو 3MF لنموذج مطبوع بالأبعاد الثلاثة، أو بصيغة GLB أو USDZ للواقع المعزز
الميزات
يفتح ملفات .sdf و.mol
ملفات MDL molfile وملفات SD بالإصدارين V2000 وV3000.
الكرة والعصا
ذرات ملوّنة حسب العنصر، مع رسم الروابط الثنائية والثلاثية والعطرية على شكل أسطوانات متوازية.
ملء الفراغ
طبقة تعرض كل ذرة بنصف قطر فان دير فالس الخاص بها.
طبقة لكل جزيء
الملف الذي يضم جزيئات كثيرة يُفتح وكل جزيء في طبقته الخاصة، مسمّاة من الملف.
مركّبات PubChem
يُفتح المطابق ثلاثي الأبعاد من PubChem مع اسم المركّب المأخوذ من سجله.
التصدير إلى GLB أو STL أو USDZ
احفظ البنية بصيغة GLB أو glTF أو OBJ أو STL أو 3MF أو PLY أو FBX أو USDZ لصورة مُصيَّرة أو طباعة ثلاثية الأبعاد أو الواقع المعزز، أو احفظ المنظر كصورة PNG.
القياس بالأنغستروم
انقر على ذرتين لقياس المسافة بينهما بوحدة Å.
العرض في الواقع الافتراضي
في متصفح نظارة الواقع الافتراضي يقف الجزيء على طاولة أمامك.
لا يُرفع أي شيء
يُقرأ الملف بالكامل في متصفحك. لا حساب ولا رفع ولا نسخة على أي خادم.
المشاركة والتضمين
أرسل رابطًا يفتح الجزيء في أي متصفح، أو ضع العارض في صفحتك بإطار iframe واحد.
التوافق وملاحظات التنسيق
تُفتح ملفات molfile بالإصدارين V2000 وV3000، منفردة أو كسجلات في ملف SD. تؤخذ الذرات والروابط ورتب الروابط من الملف. الملف الذي يحتوي على إحداثيات ثنائية الأبعاد فقط (رسم مسطح من برنامج رسم) يُفتح مسطحًا، كما هو الرسم، فنزّل المطابق ثلاثي الأبعاد من PubChem للحصول على جزيء ثلاثي الأبعاد.
يُفتح الجزيء بنموذج الكرة والعصا، وكل ذرة ملوّنة حسب العنصر بألوان Jmol، مع رسم الروابط الثنائية والثلاثية على شكل أسطوانتين أو ثلاث أسطوانات متوازية، والروابط العطرية على شكل زوج. تعرض طبقة Space filling كل ذرة بنصف قطر فان دير فالس الخاص بها. ملف SD الذي يضم جزيئات كثيرة يُفتح بطبقة لكل جزيء (لأول 200 جزيء منها، ويحصي سطر الحالة البقية)، فيمكنك عرضها واحدًا تلو الآخر أو كلها معًا.
تُقرأ الإحداثيات بالأنغستروم (Å) وتبقى بهذا المقياس، فتقيس أداة القياس المسافات بوحدة Å. تؤخذ الروابط من الملف حيث يسردها، وتُحسب للبقية من أنصاف الأقطار التساهمية. أما البنى الكبيرة جدًا، مثل قفيصة فيروس كاملة بملايين الذرات، فتُفتح بالتمثيل الكرتوني مع رسم ذراتها على شكل نقاط ليبقى المتصفح سريع الاستجابة.
تضمين العارض في موقعك
أضف العارض إلى موقعك بسطر HTML واحد. اختر التضمين من شريط الأدوات لإنشاء الكود، أو استخدم المثال التالي مع رابط ملفك.
ملفاتك تبقى على جهازك
تُعالج ملفاتك بالكامل في متصفحك. يؤدي اختيار زر المشاركة إلى رفع الملف لمشاركة رابطه. تُحفظ الملفات المشتركة لمدة 90 يومًا ثم تُحذف.
الأسئلة الشائعة
▶ما إصدارات molfile التي تُفتح؟
V2000 وV3000، كملفات .mol منفردة أو كسجلات في ملف .sdf أو .sd.
▶كيف تُعرض جزيئات ملف SD؟
كل جزيء في طبقته الخاصة، فتسردها لوحة Layers بأسمائها. أظهر الطبقات وأخفِها لعرض جزيء واحد أو مقارنة عدة جزيئات.
▶لماذا يظهر الجزيء مسطحًا؟
يحتوي الملف على إحداثيات ثنائية الأبعاد: إنه رسم من برنامج رسم وكل قيم z فيه صفر. يرسم العارض الذرات حيث يضعها الملف. تقدّم PubChem مطابقًا ثلاثي الأبعاد لمعظم المركّبات عبر Download ثم 3D Conformer ثم SDF.
▶هل تُعرض الروابط الثنائية والعطرية؟
نعم. تُرسم الروابط الثنائية على شكل أسطوانتين متوازيتين، والثلاثية على شكل ثلاث، والعطرية على شكل زوج، في مستوى الذرات المجاورة.
▶هل تُعرض حقول البيانات في ملف SD؟
يُستخدم اسم الجزيء عنوانًا لطبقته. أما حقول البيانات الأخرى فيتخطاها العارض عند القراءة.
▶هل يمكنني طباعة الجزيء طباعة ثلاثية الأبعاد؟
نعم. صدّر الملف بصيغة STL أو 3MF وافتحه في برنامج التقطيع (slicer). الأشرطة الكرتونية الرفيعة والعصيّ هشة في الأحجام الصغيرة، لذا للحصول على طباعة متينة أظهر طبقة Space filling (أو الكرة والعصا لجزيء صغير) قبل التصدير، وكبّر النموذج في برنامج التقطيع: الأنغستروم الواحد في الملف يساوي وحدة واحدة في الملف المصدَّر.
▶هل عارض SDF / MOL هذا مجاني فعلًا؟
نعم، مجاني بالكامل. لا تسجيل ولا علامات مائية ولا حد لحجم الملف في العارض (ميزة مشاركة الرابط الاختيارية تقبل رفع ملفات حتى 100 MB). طوّرته Innerscene أداةً للمعماريين والمهندسين والمصممين.
▶هل تُرفع ملفاتي إلى خادم؟
لا. تتم القراءة والرسم والتحويل كلها في متصفحك، ولا يُرفع أي شيء أو يُخزَّن أو يُرسَل افتراضيًا. زر مشاركة هو الميزة الوحيدة التي ترفع ملفًا، وفقط عندما تنقر عليه بنفسك.
▶هل يمكنني التحويل إلى صيغة أخرى؟
نعم. انقر على تصدير في شريط الأدوات لحفظ البنية بصيغة GLB أو glTF أو OBJ أو STL أو 3MF أو PLY أو FBX أو USDZ، أو لحفظ المنظر كصورة PNG. يحمل التصدير الطبقات التي أظهرتها، لذا أظهر طبقة Space filling أو Polymer atoms أولًا إن أردتها في الملف. لا يوجد كاتب لصيغة PDB أو SDF: الملفات المصدَّرة نماذج ثلاثية الأبعاد للصورة التي تراها.
▶هل يمكنني تضمين هذا العارض في موقعي؟
نعم. انقر على تضمين في شريط الأدوات لإنشاء مقتطف <iframe> من سطر واحد يمكنك لصقه في أي صفحة HTML. ويمكنك اختيار إظهار شريط أدوات العارض في التضمين أو إخفائه.